Во время коронационных пиров посыпались милости царя: он в самом дворце наделил богатыми подарками митрополита, святителей и других лиц, и сам в свою очередь принял дары от бояр, купцов и гостей, русских и иностранных; выпустил на свободу много заключенных, освободил военнопленных; уменьшены были налоги; несколько заслуженных сановников возведены в боярский сан, а Ивану Петровичу Шуйскому пожалованы были все доходы от Пскова. Но никто не был осыпан такими милостями, как Борис Годунов: он получил не только высокий сан конюшего, но и титул ближнего великого боярина, наместника царств Казанского и Астраханского; ему даны были громадные поместья, все луга на берегу Москвы-реки, сборы с целых областей, доходы с некоторых промыслов и проч. Все же доходы его достигли 100 тысяч, и он мог на свой счет снарядить из своих крестьян стотысячную рать. Правительственное значение его было так велико, что королева Англии Елизавета называла его в грамотах своих «любительным братом» и «лордом-протектором».
Быстро Москва стала обстраиваться после разорений и невзгод во времена Грозного. Сгоревший при нем дворец в царствование Феодора, судя по отзывам иностранцев, опять был приведен в цветущее состояние. Все приемные палаты в это время были великолепно украшены стенописью, подобною той, какая была здесь в царствование Алексея Михайловича и была восстановлена при покойном императоре Александре III. В это, вероятно, время была построена и приемная Золотая палата для супруги Феодора, царицы Ирины. При Покровском соборе царь построил особый придел в честь св. Василия Блаженного, мощи которого были обретены в 1588 году; для него была устроена новая гробница, и над нею повешены его тяжелые железные вериги.
В Москве в это царствование были выстроены каменные стены вокруг Белого или Царева города, начиная от Тверских ворот, а выходившие за Белый город посады — деревянные. Они составили так называемый «Скородом». Работой в Белом городе заведовал русский зодчий Феодор Конь. Здесь в это время были следующие улицы: Арбат, Смоленская, Покровка, Дмитровка, Тверская, Никитская, Чертольская (Пречистенка), Рождественка. Работы начались в 1587 году и закончены в два года с небольшим. Стена и вал начаты от нынешнего Яузского моста, неправильною дугою, через Покровку, Мясницкую, Сретенку, Петровку, Тверскую, Никитскую, Арбат и Пречистенку, где у нынешнего храма Спасителя упирались в Москву-реку. Стена Белого города имела 28 башен и 9 ворот, сходных с воротами Китай-города. У ворот стояли воротники и запирали их на ночь. Обветшавшие стены Белого города были разобраны при императрице Елизавете Петровне, а при Екатерине II заменены бульварами. Последний остаток Белого города — башня у Арбатских ворот была разобрана в 1792 году.
Феодор Иоаннович вне стен Скородома построил имеющий важное значение Донской монастырь, вид коего со старинной гравюры мы воспроизводим дальше. Основание его связано с нападением в 1691 году на Москву крымского хана Казы-Гирея со 150-тысячным войском. С Оки были отозваны к Москве войска под начальством князя Мстиславского. Сама столица была объявлена в осадном положении; защита разных частей ее, начиная с Кремля и Китай-города, поручена была воеводам. Монастыри: Даниловский, Новоспасский, Симонов и Новодевичий снабжены были пушками и военными снарядами. Предместья Москвы наскоро были укреплены деревянными стенами с бойницами («Скородома»). Между Калужской и Тульской дорогами, на пространстве между Даниловым монастырем и Воробьевыми горами, в двух верстах от города расположилось войско. Как средства защиты, были построены подвижной городок на колесах и походная церковь преподобного Сергия. Сюда была принесена икона Богоматери, бывшая с Димитрием Донским на Куликовом поле. Епископ Иов Суздальский крестным ходом обнес чудотворную икону вдоль воинского стана и городских стен и затем поставил ее в походную церковь. Сам царь Феодор Иоаннович с большою свитою, в сопровождении назначенного главным начальником Годунова, объехал войска, ободрял их и, по-видимому, не испытывал никакого страха перед врагом, возлагая всю надежду на Бога. Годунов уступил главное начальство Мстиславскому, а сам занял второе место в большом полку. Государь с царицей и духовенством начал молиться во дворце.