Между тем второй самозванец окреп: к нему пристали польские отряды под начальством панов Меховецкого и Рожинского, донские казаки с атаманом Заруцким и немало русских людей, успевших порядочно испортиться или, как говорили тогда, «измалодушествоваться» от смуты. Пропущен был момент нападения, и пришлось защищаться. Города стали сдаваться самозванцу, и даже войска изменяли Шуйскому… И вот самозванец, далеко уступавший первому Лжедимитрию и называемый народом просто вором, подошел к Москве и расположился станом в селе Тушине. Сюда привезена была перехваченная по дороге в Польшу панна Марина, и эта авантюристка не посовестилась признать своим мужем самозванца, нисколько не походившего на первого Лжедимитрия. Хотя тушинцы не чувствовали силы осадить Москву, но и полуцарь не имел энергии ударить на Тушинский стан. Происходившие между речками Ходынкой, Всходней и Химкой битвы не приводили ни к чему; поляки под начальством панов Лисовского и Сапеги осадили Троицкую лавру. Но ее иноки геройски защищали обитель преподобного Сергия. Великая лавра показывала, что Бог, по молитвам преподобного, не отступился от царя. Но все же поддерживаемая слабостью в нем власти смута все росла и росла. В самой Москве было ненадежно: в ней плодились так называемые перелеты: характерным проявлением смуты было появление людей, кои стали торговать своей верностью, изменяя то Шуйскому, то самозванцу. Торговый человек, желая стать дворянином, дворянин — получить поместье или боярство, бежали из Москвы в Тушинский стан и здесь присягали Лжедимитрию, а получив от него жалованье, возвращались в Москву и здесь притворным покаянием вымогали себе новые награды. Но это не все: Москва видела не одну бунтовскую вспышку против Шуйского.
17 февраля 1609 года Сумбулов, Гагарин и Грязной, составив заговор, потребовали от бояр, чтобы они низложили царя, а когда те, выжидая, что будет дальше, разошлись по домам, бунтовщики грубо и насильственно вывели патриарха Гермогена из Успенского собора на Лобное место и стали кричать, что Шуйский незаконно избран одной Москвой и притом своими потаковниками. Патриарх сказал, что до сего времени ни Тверь, ни Псков, ни Новгород, ни другие города Москве не указывали, а им всем Москва указывала, и, напомнив им о присяге на верность царю, удалился с Красной площади в Кремль. Заговорщики бросились за ним. Народ не удерживал их, но и не помогал им. Василий Иванович на этот раз показал себя и твердым, и мужественным, хотя и не схватил бунтовщиков. Он спросил их, зачем они, клятвопреступники, дерзко врываются во дворец? Если они хотят убить его, то он не боится смерти; но низложить его без больших бояр не могут. Заговорщики оторопели и убежали в Тушино.
Второй заговор был составлен Крюком-Колычевым, замыслившим убить Шуйского на Вербное воскресенье. Но заговор был открыт, его глава был казнен, а сообщники поплатились заточением. Началось волнение в народе от страшной дороговизны хлеба, происшедшей от того, что тушинцы, осадив Коломну, приостановили подвоз хлеба в Москву. Цена на него поднялась до 7 рублей за четверть. Но, по просьбе царя, келарь Троицкого монастыря Авраамий Палицын пустил в продажу монастырский хлеб по 2 рубля за четверть.
Скоро, однако, сквозь тучи смуты проглянуло было на Шуйского солнце: его молодой племянник, доблестный князь Михаил Васильевич Шуйский, собрал ополчение северо-восточных городов, получил от шведов вспомогательный отряд под начальством Делагарди и, двинувшись к Москве, разбил по дороге поляков и подходил к первопрестольной столице, когда Лисовский и Сапега уже сняли осаду Троицкой лавры, а самозванец бежал из Тушинского лагеря в Калугу, и самое это гнездо распалось. Король польский Сигизмунд III, подступив к Смоленску, потребовал к себе из Тушина поляков. Лжедимитрий, оскорбляемый своими приверженцами, не чувствовал себя в безопасности без поляков в Тушине и бежал, а его стан сам собой распался.
Народные надежды в это время покоились на Михаиле Скопине, в котором все хотели видеть наследника несчастливого и бездетного его дяди. Народ приписывал ему освобождение Троицкой лавры и распадение Тушинского лагеря. Прокопий Ляпунов на возвратном пути Скопина через своих посланных предложил ему престол, но тот с благородным гневом разорвал присланную ему грамоту.
Однако, среди общего расположения народа, царственного юношу стерегли в Москве зависть и ненависть. Брат Василия Димитрий Шуйский, питавший надежду после его смерти наследовать престол, не мог не видеть в Скопине-Шуйском помеху своим планам.