Но, несмотря на все эти нововведения, по-прежнему сохранились все национальные основы царского быта, все его торжественные религиозные обряды и даже мелкие обычаи, до выслушивания от верховых старцев былин и преданий. Уважение царя к русскому быту сказалось всенародным указом от 6 августа 1674 года: «Князя Андрея Княж Михайлова сына Кольцова-Мосальского из стряпчих записать по жилецкому списку за то, что он на голове волосы у себя подстриг. А стольникам, стряпчим, дворянам московским и жильцам указал великий государь свой государев указ сказать, чтоб они иноземских немецких и иных извычаев не перенимали, волосов у себя на голове не подстригали, також и платья, кафтанов и шапок с иноземских образцов не носили, и людям своим потому ж носить не велели. А буде кто впредь учнет волосы подстригать и платья носить с иноземного образца, и такое ж платье объявится на людях их, и тем от великаго государя быть в опале, и из вышних чинов написаны будут в нижние чины». Замечательный указ этот был одним из последних распоряжений царя Алексея Михайловича.
Царь Михаил Феодорович, восстановив разоренные в смутное время кремлевские храмы, оставил уже немного забот о них своему преемнику; и царь Алексей Михайлович, по отношению к первым, является не столько создателем храмов, сколько вкладчиком.
В первопрестольном Успенском соборе этот государь оставил по себе память следующим. В приделе апостолов Петра и Павла Алексей Михайлович поставил замечательную по древности и сделанную из особого рода мастики икону Влахернской Божией Матери. Она была некогда покровительницей Цареграда и привезена была оттуда в дар государю. В 1653 году царь принес в дар Успенскому собору серебряное в 2 пуда блюдо и при нем ведро, с коим он сам ходил на Иордань и зачерпал им только что освященную воду. Его же пожертвование — великолепные золотые, украшенные жемчугом священнослужительские облачения и пелена к Владимирской Богоматери, «на помин родителей». Царица Наталья Кирилловна пожертвовала громадное евангелие, оправленное массивным золотом и разнообразными драгоценными камнями. При императрице Екатерине II оно было оценено в два миллиона рублей. Свояк государя, по первой его супруге, боярин Морозов пожертвовал к Успению огромное паникадило в 60 пудов серебра, висевшее посредине собора до 1812 года. Алексей Михайлович повелел перенести из церкви Рождества Богородицы в Успенский собор царицыно место и поставить его против левого клироса. Оно резное из дерева, вызолочено, и верх его на четырех углах увенчан двуглавыми орлами. Никон в это время обновил патриаршее место.
Архангельский, Благовещенский и другие соборы Кремля получали так же, как и придворные храмы, разные более или менее ценные вклады набожного царя Алексея Михайловича. Из дворцовых храмов особенной заботой его пользовалась церковь Екатерины великомученицы, «у царицы на сенях», где в это время был устроен придел в память матери царя (Евдокии Лукьяновны); здесь царицы брали молитву после родов и причащались постом. В церкви Распятия над жертвенником находится икона, на которой изображены свв. Константин и Елена, а также Алексей Михайлович, его супруга Марья Ильинишна и патриарх Никон.
«Тишайший царь» не оставил без внимания и колокольню Ивана Великого. Находившаяся при нем звоница с громадным колоколом Годунова сгорела, и сам колокол разбился. Царь приказал воспользоваться его осколками и отлить новый. Барон Мейерберг, видевший его в 1661 году, говорил, что он был отлит русским литейщиком 24 лет, весит 8000 пудов и поставлен был на новой звонице. В пожар 1701 года он разбился, но при императрице Анне Иоанновне был отлит снова и сделался, следовательно, отцом царя-колокола; к осколкам этого произведения XVII века прибавлено было еще 2000 пудов меди. В память царя Алексея Михайловича сделано было на царь-колоколе его изображение рядом с изображением названной императрицы. Чудовская обитель св. Алексея митрополита, где восприял крещение Алексей Михайлович, и Вознесенский монастырь, где он сам хоронил свою первую супругу и дочерей, пользовались вкладами этого государя. В Вознесенском монастыре и до сих пор сохраняется большая серебряная водосвятная чаша, дар царя.