Непосредственно гонения начались так. В 1784 г. московским главнокомандующим назначен Брюс, о котором уже шла речь, помимо прочего ненавидящий мартинистов. 23 декабря 1785 г. Екатерина отправила ему именной Указ. О ревизии книг, выходящих в вольных типографиях в Москве. Так как из типографии Новикова выходят многие «странные книги», Брюсу предписано приказать Губернскому Прокурору сделать роспись их, которую отослать, вместе с книгaми, московскому архиерею, имеющему особое от нас повеление «испытать Новикова в законе нашем, рассмотреть сами книги и что окажется донести нам и уведомить Синод». Екатерина распорядилась, чтобы Брюс договорился с архиепископом, который должен назначить несколько духовных особ (1-2-х). Они вместе со светскими цензорами должны рассмотреть книги, выходящие из типографий Новикова и других вольных, где что-либо касается веры или дел духовных, и для наблюдения, чтобы такие печатаемы не были, «в коих какие-либо колобродства, нелепые умствования и раскол скрываются» (27). Распоряжение было выполнено. При этом постоянными светскими цензорами назначены противники Новикова, Шварца и масонов (45)
11 января 1786 г. Новикова вызвали к архиепископу Платону, московскому митрополиту, для испытания в Законе Божьем. Платон уговаривает Новикова показать истину, ответить на 12 письменных вопросов. 15 января Платон пишет Екатерине, что Новиков признает все основные догматы православия, говеет и, хотя состоит в обществе франк-масонов, но в нем нет ничего, противного вере, закону и совести. Митрополит желал бы, чтобы было больше таких правоверных христиан, как Новиков.
23 января 1786 г. Екатерина дает Брюсу два новые указания: 1. установить контроль за больницами и школами, основанными масонами. 2. объявить, что разрешенные указом от 15 января 1783 г. типографии предназначены для печатанья полезных книг, а не тех, которые «для обмана и уловления невежд»; допросить Новикова о причинах, побудивших к их изданию. Новиков задержан, его допрашивают в губернском правлении, записывают заданные ему вопросы и его ответы. По существу начинается пересмотр указа о «вольных типографиях»
К марту архиепископ Платон и два других духовных цензора оканчивают рассмотрение конфискованных книг. О Новикове Платон продолжает отзываться весьма положительно. Книги же он делит на три категории; только в последнюю из них он заносит сочинения, по его мнению, зловредные, развращающие нравы, подрывающие религиозное чувство (46). Казалось бы именно на них власти должны были обратить внимание. Но придрались не к третей, а к второй категории (книги мистические, которые, по словам Платона, он не понимает и не берется судить о них). Следует отметить честность, смелость и благожелательность Платона (Левшина). Судя по всему, он не сочувствовал масонам, вряд ли не понимал, чего от него хочет Екатерина, но действовал так, как ему подсказывала совесть. Правда императрица относилась к нему благосклонно. Она сама его «открыла», отзывалась с похвалой об его проповедях. Умный, тактичный, находчивый, видный церковный деятель, знаток языков, законоучитель наследника, Платон мог многое себе позволить. А всё же далеко не каждый, даже в его положении, поступил бы так, как он.
25 марта 1796 г. выходит высочайший указ на имя Брюса, с повелением конфисковать 6 книг, названных Платоном во второй категории; Новикову и владельцам других вольных типографий строжайше запрещалось издание книг такого рода, под опасением не только конфискации их, но и лишения права содержать типографии (47. см. Сборн.).
27 марта 1786 г. именной указ Брюсу: о запрещении продавать книги, исполненные «странными мудрствованиями». В указе говорилось о присланных московским архиепископом примечаний на книги и московским губернатором их росписи. Повелеваем: те, которые обозначены в списке, если они окажутся в лавке Новикова, оставить запечатанными и запретить их продажу до дальнейшего рассмотрения и приказания; прочие книги распечатать и продажу их дозволить; Новикову и другим содержателям вольных типографий в Москве строжайше подтвердить приказ, чтобы они остерегались издавать книги, наполненные «подобными странными мудрствованиями, или лучше сказать сущими заблуждениями», под опасением не только конфискации этих книг, но и лишения права содержать типографию или книжную лавку, а кроме того «законного взыскания» (далее приводится список книг, которые опечатаны и запрещены, всего шесть, среди них «Апология или защищение вольных каменщиков», «Парацельса Химическая Псалтирь» и др.). Беда-ошибка Новикова состояла в том, что, кроме книг, конфискованных и опечатанных в университетской лавке, были такие же и на складе Новикова, и он не заявил о них, а позднее, с согласия «товарыщи», считая, что гроза минула, передал их книготорговцу Кольчугину, который стал продавать их, что Новикову позже припомнили.