Походы в море для борьбы с пиратами были небезопасны, приходилось плавать в неизвестных водах при отсутствии точных карт. Случались и аварии, и посадки на мель. Так, 10 апреля 1901 г. при уже упомянутом походе миноносцев и КЛ «Гиляк» миноносец № 211 выскочил на не обозначенный на карте риф близ бухты Елены. Пришлось проводить целую операцию по снятию его с мели, высылать туда КР «Нахимов» и ТР «Хабаровск», портовые пароходы и баржи для разгрузки. Но не успели повреждённый миноносец поставить в док, как туда же пришлось ставить КЛ «Гиляк», посланную к Бицзыво для преследования пиратов и выскочившую 29 апреля 1901 г. на не обозначенную на карте гряду. Хотя лодка через 45 минут снялась с мели сама, днище с 35-го по 38-й шпангоут оказалось смято, и потребовался доковый ремонт. Причём для канонерки это была уже вторая авария за два месяца. 12 марта 1901 г. лодка столкнулась с германским пароходом «Матильда» у реки Пей-хо, когда из-за навала на корму «Гиляка» вылетело 48 заклёпок, ослабли стыки листов обшивки и был сломан трап. По заключению комиссии, ущерб составил 2500 долларов на ремонт и 91 на составление документов {84}.
В начале XX века произошёл ряд аварий по совершенно, казалось бы, неожиданному поводу — рулевые не понимали поданных команд. Произошло это потому, что до XIX века команда подавалась для перемещения румпеля, а не пера руля. Руль перекладывали не с помощью привычного всем сейчас штурвала, а талями. Поэтому команда «право руля» обозначала, что корабль пойдёт влево! Анахронизм в начале XX века устранили, но рулевые и команда кораблей привыкали к этому с трудом. Из-за этого в августе 1901 г. столкнулись миноносец «Касатка» и крейсер «Адмирал Нахимов». Случались аварии и при движении плавсредств в портах. Так, 31 августа 1901 г. при столкновении буксира Добровольного флота «Диомид» с барказом броненосца «Петропавловск» погиб матрос В. Павлов. А крейсер «Владимир Мономах» получил повреждения якорного устройства из-за подвижки льда при стоянке в Шанхае {85}. С появлением на флоте подводных лодок аварийность ещё более возросла. То взрывались батареи из-за высокой концентрации водорода в отсеках, то при попытке затянуть находящийся под давлением люк на ПЛ «Сом» срывало его крышку. Особенно поразило свидетелей этой аварии, что с матроса, обтягивавшего болты, сорвало одежду. Ранение двух рабочих особого удивления не вызвало {86}.
После Русско-японской войны для охраны природных ресурсов и патрулирования Охотского и Берингова морей построили специальные суда «Командор Беринг» и «Лейтенант Дыдымов». Но эти корабли относились уже не к ВМФ, а к Министерству внутренних дел. Впрочем, по-прежнему хватало работы и для кораблей флотилии. Им приходилось производить опись побережья дальневосточных морей, заниматься спасением аварийных судов (как это пришлось делать КР «Владимиру Мономаху», снявшему с гибнувшего на камнях парохода 194 пассажира) {87}ловить нарушителей порядка как до, так и после Русско-японской войны. Поэтому некоторые корабли служили десятилетиями, как ветеран флотилии канонерка «Манджур», названная не только в честь народа, населяющего Дальний Восток, но и корабля, основавшего Владивосток в 1860 г.
Наиболее известной для Владивостока стала авария парохода «Варягин» (назван так по фамилии владельца). После окончания Русско-японской войны (7 октября 1905 г.) на этом небольшом пароходе везли деньги для шкотовской управы в бухту Кангауз. Выйдя из Босфора, он лёг на курс, ведущий на север. Опасаясь за свой корабль, его капитан доверился бывшему лейтенанту флота Зотову, который не смог провести его сквозь линию минных полей. И этот пароход открыл для нашей страны горестный список кораблей и судов, подорвавшихся на собственных минах {88}. А кораблям ВМФ, базировавшимся во Владивостоке, иногда приходилось спасать аварийные суда прямо в порту. Так, по сообщению газеты «Владивосток» (№ 19 за 1896 г.) морякам минных крейсеров «Всадник» и «Гайдамак» вместе с крейсером «Адмирал Корнилов» удалось потушить пожар на японском судне «Тенсин-мару». Приходилось оказывать помощь населению Приморья при стихийных бедствиях, как это делал «Алеут» с барказами летом 1896 г. во время наводнения.
А сообщения об открытии подводных опасностей публиковались не в специальных извещениях мореплавателям (как это делается сейчас), а в местной прессе. Так, в газете «Владивосток» (№ 5 за 1896 г.) имеется сообщение об обнаружении канонерской лодкой «Кореец» банки с координатами Ш=37°27'49” сев., Д=126°35'17” вост. Обнаруженная у острова Стенина шхуной (минным заградителем) «Алеут» банка получила имя этого корабля {89}.