Во время Русско-японской войны морским воздухоплавателям Владивостока приходилось вести наблюдение за подходами к городу, искать мины, обучать экипажи кораблей работе с новейшей техникой, позволяющей расширить зону наблюдения, отрабатывать возможность ударов с воздуха по прорывающимся в пролив Босфор Восточный кораблям. В случае осады крепости японцами аэростаты должны были использоваться для связи с войсками в Приморье. Для этих целей мичман Гудим совершает полёт на свободном аэростате до озера Ханка Именно мичману Гудиму придется участвовать в первом в истории Российского флота походе к берегам противника боевых кораблей, имевших воздухоплавательную технику на борту. В апреле 1905 г. на борту крейсера «Россия» отряд воздухоплавателей должен был отработать наблюдение со змейкового аэростата на ходу, а при возвращении, использовав водород змейкового аэростата, наполнить свободный воздушный шар и совершить на нём полёт на берег. В походе многие морские офицеры из экипажа крейсера совершали подъёмы для ознакомления с новой техникой. Однако из-за обрыва троса аэростата и последующего подъёма улетевшего «беглеца» был утерян газ, поэтому от полёта свободною аэростата с моря на берег пришлось отказаться.
В годы войны Н. Гудим получает свою первую награду — орден Св. Станислава 3-й степени. В формулировке награждения указано, что оно проведено за отличия во время военных действий, но награда дана без мечей (не за боевые заслуги). Но по окончании военных действий наш герой расстаётся с воздухоплаванием. Интерес к нему в ВМФ упал, воздухоплавательное имущество передаётся армии, а в ней основным назначением этой техники считалась служба в крепостях. Пассивная служба в крепости — не для деятельной натуры Гудима, а тут ещё одна напасть нашего флота наложила свой отпечаток — служба в береговых частях не позволяла выслужить необходимый для получения очередного морского звания плавательный ценз. Если офицер не набирал необходимого числа дней плавания, то вместо флотского лейтенанта он мог стать штабс-капитаном по Адмиралтейству со всеми вытекающими из этого ограничениями возможного продвижения по службе. По этой причине в сентябре 1905 г. по его просьбе мичман Гудим назначается вахтенным начальником крейсера «Россия», на котором он возвращается на Балтику. Тогда же он получает очередной чин лейтенанта. Опыт же использования аэростатов в морском флоте будет обобщён им и опубликован в виде статьи в журнале.
После прибытия на Запад корабль становится в длительный ремонт с модернизацией, а мичман Гудим находит себе новое интересное дело. Во время Русско-японской войны во Владивостоке вели боевые действия принципиально новые военные корабли — подводные лодки. Они охраняли город от возможного нападения флота восточной империи, и у Н. Гудима была возможность ознакомиться с этой военно-морской новинкой.
Тридцатого сентября 1906 г. в подводный класс был назначен новый слушатель, и 18 октября Н. Гудим прибыл в Либаву для обучения, начавшегося на следующий день. Уже в мае 1907 г. Гудим был назначен командиром подводной лодки «Скат», и 13 мая убыл во Владивосток с эшелоном нижних чинов. После прибытия в столицу Приморья 15 июня он вступает в командование подводной лодкой. Помимо своего корабля из-за недостатка офицеров приходится командовать и другими ПЛ, участвовать в комиссии по разбору беспорядков (выступлений солдат и матросов во время 1-й русской революции), совмещать командование кораблём с исполнением обязанностей штабного специалиста. Во время службы во Владивостоке Н. Гудим был награждён очередными наградами (орденом Св. Анны 3-й ст. и медалью за участие в Русско-японской войне) и был включен в список офицеров подводного плавания. В 1910 г. он возвращается на Балтику и вновь исполняет обычные обязанности офицера-подводника того времени. Нехватка кадров в то время была столь велика, что на одного офицера выпадало исполнение обязанностей сразу по нескольким должностям. Помимо командования ПЛ «Окунь» ему приходится временно исполнять обязанности флаг-офицера и ревизора дивизиона, штурманского офицера бригады, командира ПЛ «Кайман». В 1912 г. его назначают командиром ПЛ «Дракон» — эта лодка в то время относилась к самым крупным субмаринам отечественного флота. А новый командир этой лодки получил новое звание — старший лейтенант. Назначение это не было случайным. В 1912 г. на манёврах «Дракон» не смог даже погрузиться при приближении цели, а при атаке не смог занять позицию для стрельбы. «Кайман» же под командованием Гудима отличился, и его послали исправлять положение.