Испанская инквизиция — это церковный суд, подчиненный государственной власти. Именно этот момент отличает ее от инквизиции в XIII веке, призванной бороться с вальденсами и катарами. Инквизиторы XIII века изымали из-под обычной юрисдикции епископов миссию защищать веру и пресекать ересь; их желанием было поручить эту заботу папе и только ему одному. В Испании же папа отказался от такой прерогативы в пользу мирской власти: он предоставил Фердинанду Арагонскому и Изабелле Кастильской назначить инквизиторов, которым поручено вести дознание насчет новообращенных, вернувшихся к иудаизму, и привлекать к ответственности как их, так и их сообщников. Оговаривалось, что эти инквизиторы получат «ради защиты веры» судебный орган, полномочия и власть, какие ранее принадлежали епископам. 27 сентября 1480 года, на основании буллы об учреждении, короли назначили первых инквизиторов для областей Кастильской короны; Фердинанд в конечном счете получил ту же привилегию для Арагонской короны. Спустя три года по предложению государем папа назначил верховным инквизитором Торквемаду, поручив ему, в свою очередь, выбрать провинциальных инквизиторов. В 1488 году Иннокентий VIII допустил, что когда-нибудь короли предложат ему преемника Торквемады, которого он назначит на место последнего. Такая процедура будет сохраняться вплоть до упразднения института в 1834 году: папа назначает верховным инквизитором того, кого представляет ему король Испании, и облекает его властью, данной ему для борьбы против ересей. В свою очередь верховный инквизитор передает полномочия, полученные таким образом, провинциальным инквизиторам. Таким образом, испанская инквизиция полностью зависела от верховного инквизитора — то есть от государства, его назначившего.
В принципе инквизиция предназначена была защищать религиозную ортодоксальность, но на деле ее создали для того, чтобы наказать «иудействующих». Это и беспокоило современников, среди которых были и те, кто ставил под сомнение не принципы подобного судебного органа, а его конкретную подоплеку. Религия — один из факторов сплоченности общества; следовательно, вполне законно подвергнуть строгому наказанию тех, кто, отойдя от церковного учения, угрожает тем самым расколоть это единство. Критику вызывали как методы инквизиции, в частности тайное судопроизводство, так и дискриминация, чьей жертвой становились новообращенные: преследуя лишь одну из форм ереси (ересь иудействующих) и лишь одну категорию еретиков (тех, у кого в роду евреи), инквизиция противоречила принципам универсальности католицизма, согласно которым есть лишь одна паства и один пастырь. Все христиане — братья во Христе и сыновья одной Церкви, независимо от времени их крещения. С того момента, как было решено преследовать одну категорию еретиков, любой новообращенный становился в глазах общества потенциальным преступником, подозреваемым, парией. Подобная критика выводила на уровень основной проблемы: имеют ли люди право навязывать религиозные убеждения в принудительном порядке? Должно ли государство следить за чистотой религии? Вместе с инквизицией в конце XV века утверждается первая форма современного тоталитаризма: государство уже не довольствуется тем, чтобы требовать от своих подданных соблюдения законов и уважения общественного порядка, — оно навязывает им идеологию и