Именно в оксфордский период происходит окончательное формирование Бэкона как ученого и мыслителя. Центр его интересов полностью смещается в сторону естественнонаучного знания; он активно занимается оптикой, алхимией, астрономией, разрабатывает новую теорию радуги.
Среди наиболее важных работ Бэкона данного периода можно назвать следующие
В процессе научных исследований и работы над названными произведениями Бэкона захватила идея создания всеобъемлющего учения, которое должно было основываться на естествознании, «опытной науке» и математике и охватывать все области знания — от грамматики до богословия. Основные положения этого учения Бэкон собирался изложить в
Судя по всему, именно в Оксфорде Бэкон принял решение о вступлении в Орден Францисканцев. Данное событие обычно относят к середине — концу 1250-х гг. Основанием для такой датировки могут служить слова Бэкона из
О мотивах, побудивших Бэкона вступить в Орден Францисканцев, мы можем лишь строить предположения. Весьма вероятно, что он искал освобождения от бремени преподавания, чтобы полностью посвятить себя чистой науке. Зная о том, каким почтением со стороны оксфордских францисканцев пользовался много для них сделавший в свое время Роберт Гроссетест (не только как могущественный покровитель и заступник, но и как учитель и вдохновитель), Бэкон, считавший себя его последователем, мог рассчитывать на то, что Орден будет благосклонно относиться к его научным занятиям и что в новых условиях он сможет обрести новые возможности для реализации своих проектов. Можно предположить и то, что на решение Бэкона вступить в Орден повлиял его близкий друг францисканец Адам Марш или кто-нибудь другой из оксфордских францисканцев. Наконец, вполне возможно, что Бэкон увидел во францисканском идеале путь к святости и духовному совершенству, которое английский мыслитель рассматривал в качестве важного условия правильного философствования и постижения мудрости.
О том, как складывалась жизнь Бэкона в новых условиях, мы практически ничего не знаем, однако ожидаемой поддержки от Ордена он, по всей видимости, не получил. На этой почве у Бэкона, вероятно, возникли определенные трения с руководством Ордена, которые со временем только усиливались. Желая реализовать свои научные проекты, Бэкон стал искать помощи на стороне, в обход своего непосредственного орденского начальства.