А. И. Худяков – автор свыше 130 научных работ, включая 30 книг, учебников и монографий.
Принимал участие в разработке свыше 60 законов Республики Казахстан по экономическим и финансовым вопросам, включая Налоговый кодекс, Гражданский кодекс, законы «О защите и поддержке частного предпринимательства», «О бюджетной системе», указы Президента Республики Казахстан, имеющие силу закона: «О налогах и других обязательных платежах в бюджет», «О страховании», «О земле», «О недрах и недропользовании» и др., а также проекты законов Российской Федерации «Об обязательном страховании гражданской ответственности владельцев транспортных средств», «О недрах», 18 проектов законов субъектов Российской Федерации.