При этом оценки Ходорковского и Геращенко друг другу не противоречили. Они лишь подтверждали, что к лету 2004 года «ЮКОСа» как субъекта сопротивления силовому давлению государства уже не существовало, были лишь несколько очагов корпоративной власти, представители которой не координировали свои действия. Более того, складывалось впечатление, что и «атаку» на «ЮКОС» единовластной назвать никак нельзя. Судя по всему, делом «ЮКОСа» на каждом из его этапов управляли разные чиновники – и каждый на свой лад. Была лишь общая команда: «ЮКОС» – к ногтю». МНС сочло это распоряжение основанием насчитать «ЮКОСу» максимальную сумму налогов. Близкие к власти бизнесмены – основанием рассмотреть активы «ЮКОСа» как свое потенциальное приобретение. Чиновники либерального крыла – возможностью увеличить налоговые поступления в бюджет. Чиновники силового крыла – возможностью национализировать компанию. Непосредственные исполнители в суде, в службе приставов, в Генпрокуратуре, в МНС – основанием для любых жестких действий в деле «ЮКОСа» для демонстрации служебного рвения и получения новых звездочек на погоны. При этом действия разных заинтересованных сторон зачастую противоречили друг другу. Хаос внутри «ЮКОСа» противостоял хаосу внутри власти.
Столкновение двух бестолковых стихий заставляло другие компании с опаской относиться даже к самым привлекательным вариантам участия в разделе «ЮКОСа». «Роснефть» и «Газпром», считавшиеся главными претендентами на «Юганскнефтегаз», незадолго до аукциона даже заявляли, что не будут принимать участия в торгах. Итог своих (да и не только своих) усилий по спасению «ЮКОСа» Виктор Владимирович Геращенко в интервью журналу «Власть» накануне аукциона по продаже ЮНГ подвел одной фразой: «Я никак не думал, что власть так упрется».
Формально вся направленная на поиски компромисса деятельность закончилась 12 января 2005 года, когда Михаил Ходорковский заявил, что передал подконтрольные ему 59,5 % акций гибралтарской Group MENATEP (основной акционер «ЮКОСа») в управление проживающему в Израиле другому ее совладельцу – Леониду Невзлину. «Я избавлен от ответственности за оставшийся бизнес и деньги группы вообще. Все, точка», – заявил экс-глава «ЮКОСа». В ответ господин Невзлин распространил заявление о том, что он «намерен действовать в интересах всех совладельцев «ЮКОСа», используя для их защиты максимально эффективные механизмы». Это означало, что Group MENATEP займет более жесткую позицию в борьбе за имущество «ЮКОСа».
Михаил Ходорковский передал Леониду Невзлину права на 59,5 % акций Group MENATEP. Правда, право распоряжаться 50 % акций Group MENATEP, находящихся в специальном трасте, перешло к Леониду Невзлину автоматически, после потери «ЮКОСом» ОАО «Юганскнефтегаз». До 19 декабря, когда состоялся аукцион по продаже 77 % акций ЮНГ, распорядителем траста оставался господин Ходорковский, несмотря на то что еще в октябре 2003 года, после его ареста, в качестве бенефициара этого траста его заменил Леонид Невзлин. Платон Лебедев, владеющий еще 7 % акций Group MENATEP, даже не рассматривал возможность отказа от своих бумаг.
Основной «фронт» борьбы за «ЮКОС» и за судьбу Ходорковского к 2007 году переместился в Страсбург, в Европейский суд по правам человека. В 2009 году он начал публиковать свои первые решения.
Первое же из них, от 29 января, – по корпоративной жалобе «ЮКОСа» на российское правительство – оказалось очень жестким для России. Аргументы о том, что «ЮКОС» уже ликвидирован и поэтому дело не может быть рассмотрено, суд отклонил, признав приемлемой жалобу «ЮКОСа» на то, что налоговые претензии (включая продажу «Юганскнефтегаза», а также в части удвоенных налоговых штрафов) предъявлялись с целью разрушения компании и отчуждения ее активов.
Суд усмотрел и возможное нарушение права «ЮКОСа» на справедливое судебное разбирательство: компания вовремя не смогла получить и, соответственно, обжаловать решение суда о взыскании налогов, что привело к немедленному исполнению этого решения.