Атаман и войсковое правительство перебирались в Верхнеуральск — центр 2-го округа области Войска Оренбургского. Многие офицеры в одиночку и небольшими группами укрывались в станицах, хуторах и киргизских аулах. Дутов нервничал. Он трижды пытался снять с себя полномочия войскового атамана, и трижды круг не принял его отставку. Финансовое положение эвакуированного правительства было тяжелым:
В первые дни после вхождения в Оренбург Красной гвардии несколько десятков станиц заявили о признании советской власти. Но рассылка по ближайшим станицам продотрядов привела к возникновению партизанских отрядов «самозащиты». 3 марта Оренбургский военно-революционный комитет (ВРК) пригрозил, что если
Однако антибольшевистское казачество было настроено решительно. Вокруг атамана сплачивались верные ему боевые силы. К началу весны дутовцы окружили Троицк и создали угрозу Самаро-Златоустовской железной дороге. Одновременно в опасном положении находился и Оренбург.
Оренбургский военно-революционный комитет требовал от умеренных казаков выбора, стремясь силой заставить их присоединиться к борьбе против Дутова. «Знайте, кто не с нами, тот против нас. Нам нужно окончательно договориться: или идите вместе с нами, или берите винтовки и сражайтесь против нас», — заявил председатель ВРК Цвиллинг на 1-м губернском съезде Советов 12 марта 1918 года.
Уральский областной военный комиссариат принимает решение направить несколько вооруженных отрядов для освобождения Троицка и всей Оренбургской губернии. Командование этими отрядами возлагалось на Блюхера.
Блюхер начал теснить белоказаков. В марте 1918 года был взят Верхнеуральск. После этого правительство атамана Дутова расположилось в станице Краснинской, где в апреле оно попало в окружение. Единственным выходом из сложившейся ситуации мог быть прорыв окружения и отступление на юг. Атаман так и сделал. Собрав в единый кулак свои оренбургские отряды, он рассек в слабом месте кольцо красных и ушел в Тургайские степи.
Блюхеру удалось изгнать Дутова с территории губернии, но ликвидировать его живую силу полностью он не сумел. Белоказаки организованно отошли в южном направлении. Весенняя распутица не позволила преследовать их, и они, разбившись на небольшие группы, рассредоточились в Тургайской области. В мае, когда установилась хорошая погода, Дутов вновь стянул свои разрозненные отряды под Оренбург и блокировал его.