Однако тяжело проходили не только дискуссии на самом совещании. Еще до него ряд православных организаций и священнослужителей на Кипре предприняли попытку не допустить его проведение, обратившись к главе Кипрской церкви архиепископу Хризостому II с требованием закрыть собрание, что вызвало резкую негативную реакцию первоиерарха. Тем не менее, благодаря пикету православных верующих и монахов монастыря Ставровуни была отменена совместная молитва представителей Православной и Католической церквей, которую организаторы совещания собирались провести в православной церкви Св. Георгия в Пафосе.
Последняя встреча Смешанной комиссии прошла уже в сентябре 2010 г. в Вене. На ней было продолжено обсуждение "Критского документа", текст которого составлен в духе католического подхода, однако в итоге, по настоянию православных участников, было решено не придавать документу официального статуса, а, доработав его, использовать в качестве материала для подготовки нового документа. Как заявил митрополит Иларион, никаких "прорывов" в работе комиссии сделано не было, однако комментарии, сделанные двумя ее руководителями - представителями Константинопольского патриархата и Ватикана, и опубликованные агентством Рейтер, свидетельствуют о том, что последние оценивают итоги заседания как значительное продвижение в деле достижения взаимопонимания сторон.
Так, митрополит Иоанн Зизиулас (Константинопольский патриархат), в частности, заявил: "Не существует облаков недоверия между нашими двумя Церквами. Наши предшественники и, особенно, главы наших Церквей, как с католической, так и с православной стороны, подготовили путь к дружеской и братской дискуссии... Если мы будем продолжать в том же духе, Бог найдет путь к преодолению всех оставшихся трудностей, и приведет наши Церкви - самые древние Церкви ...к полноте общения". Он также признал, что в ходе дискуссий они "обнаружили", что в первом тысячелетии существовало признание особой роли, которую Римский епископ играл в Церкви, и что если православные усилят свое понимание примата, а католическая сторона - свое измерение соборности, то "результат будет близок к концепции Церкви, объединенной в своей основной структуре по правильному пути".
О том же фактически говорил и архиепископ Курт Кох, глава Папского совета по содействию единству христиан. Сконцентрировав свое внимание на необходимости обогащения друг друга за счет сильных сторон - православной соборности и католического примата, он подчеркнул: "Разумеется, для Католической Церкви невообразимо единство без Римского епископа. Причина этого в том, что Римский епископ - это вопрос не только организационный, но и богословский. Диалог именно о том, какую форму могло бы принять такое единство, должен интенсивно продолжаться. Единство означает, что мы рассматриваем друг друга как в полной мере Церкви-сестры. Точно так же, как (католическая) Церковь в Вене является Церковью-сестрой Церкви в Базеле, так и Православная Церковь будет для нас сестринской Церковью".
Таким образом, медленно, но последовательно Ватикан продвигается к своей цели, добившись на настоящий момент главного - что идея папского примата, этой главной ереси католицизма, не только не подвергается разоблачительной критике, но занимает центральное место в православно-католическом диалоге, в котором Св. Престол выступает в качестве ведущей стороны и занимает крайне наступательную позицию.
Далеко не все в православном мире поддерживают это "сотрудничество". В частности, в заседании Смешанной комиссии не участвовал Болгарский патриархат. Против участия в собеседованиях с католиками в рамках этой комиссии высказываются и отдельные православные иерархи автокефальных церквей, как, например, это сделал бывший сербский епископ Артемий Рашко-Призренский и Косовский. Епископ Артемий всегда твердо стоял на позициях сохранения чистоты православного вероучения и известен своими антимодернистскими, антизападными и патриотическими взглядами. Но именно за них ему и пришлось претерпеть лишения. 4 мая 2010 г. епископ Артемий был отстранен от служения под предлогом "выхода на пенсию". Затем против него началась многомесячная кампания в СМИ, обвинявшая его окружения в нарушении финансово-экономической деятельности епархии, в заключении рискованных сделок, за которые владыка Артемий якобы косвенно нес ответственность, так как не проверял и не контролировал действий своих помощников. Однако по данным газеты "Пресс", ряд сербских владык заявили на Соборе, что за обвинениями против епископа Артемия стоит заговор, организованный в Ватикане.