Наряду с общеобразовательными учебными заведениями в поселениях Иудеи и Самарии существуют десятки иешивот различных типов. В Офре действует Институт высших еврейских наук, в Алон-Швут – Институт исследований в области технологии и Галахи, в Кдумим – Мидрешет Эрец-Исраэль (национально-сионистский образовательный центр), а в Ариэле – Университетский центр Самарии (бывший Колледж Иудеи и Самарии). Этот колледж был основан в 1982 году при деятельном участии и под эгидой Университета Бар-Илан, но впоследствии приобрел академическую самостоятельность. Сегодня в Колледже Иудеи и Самарии существуют девятнадцать кафедр и подготовительное отделение, на которых учатся восемь с половиной тысяч студентов (среди них более трехсот арабов – граждан Израиля). На сегодняшний день Университетский центр Самарии имеет право присуждать своим выпускникам степень бакалавра по биотехнологии и химической инженерии, электронике, инженерии и менеджменту, физиотерапии, гражданской инженерии, архитектуре, экономике и управлению бизнесом, социальной работе и управлению медицинскими учреждениями. В 1990 году в нем был создан департамент по научно-исследовательской работе, в 1992 году под эгидой колледжа возникла так называемая Технологическая теплица, с 1994 года выпускаются научные периодические издания в области естественных и гуманитарных наук; с 2006 года выходит журнал «Социальные проблемы в Израиле» (на иврите). Центр имеет большую библиотеку.
На всем протяжении развития поселенческого движения критическую важность имела и имеет неурегулированность юридического статуса контролируемых территорий и, как следствие, постоянная вероятность того, что органы власти Израиля могут по тем или иным причинам принять решение об эвакуации поселенцев и разрушении (или передаче под контроль другой страны или Палестинской администрации) построенных ими городов и деревень.
Право Израиля на создание гражданских поселений на контролируемых территориях не признается структурами ООН и государствами – членами организации; призывы к эвакуации всех уже созданных на этих землях поселений повторяются в многочисленных резолюциях Генеральной Ассамблеи и Совета Безопасности. Так, в резолюции № 446 от 22 марта 1979 года Совет Безопасности ООН призвал «Израиль как оккупирующую державу… отменить ранее принятые меры и воздерживаться от каких-либо действий, которые могут привести к изменению юридического статуса и географического характера и существенно сказаться на демографическом составе арабских территорий, оккупированных с 1967 года, в том числе Иерусалима, и в особенности не переселять группы своего собственного гражданского населения на оккупированные арабские территории». Совет Безопасности вновь подтвердил свою позицию в резолюциях № 452 от 20 июля 1979 года и № 465 от 1 марта 1980 года.
Утверждения о «незаконном характере израильских поселений на территории, оккупированной с 1967 года» (или же «на палестинской территории, включая Восточный Иерусалим») фигурируют в резолюциях Генеральной Ассамблеи ООН № 51/133 от 13 декабря 1996 года, № 52/66 от 10 декабря 1997 года, № 53/55 от 3 декабря 1998 года, № 54/78 от 6 декабря 1999 года, № 55/132 от 8 декабря 2000 года, № 56/36 от 3 декабря 2001 года, № 57/110 от 3 декабря 2002 года и других. В резолюции № 58/98 Генеральной Ассамблеи ООН от 9 декабря 2003 года «вновь подтверждает[ся], что израильские поселения на палестинской территории, включая Восточный Иерусалим, и на оккупированных сирийских Голанах являются незаконными и препятствуют достижению мира и социально-экономическому развитию», а также «повторяет[ся] требование о полном прекращении всей поселенческой деятельности Израиля на оккупированной палестинской территории, включая Восточный Иерусалим, и на оккупированных сирийских Голанах». В «Дорожной карте» урегулирования палестино-израильского конфликта, опубликованной Государственным департаментом США 30 апреля 2003 года и поддержанной в резолюции № 1515 Совета Безопасности ООН от 19 ноября 2003 года, вновь говорится о том, что «Израиль заморозит любую деятельность по созданию и расширению поселений на контролируемых территориях», а также «любую поселенческую деятельность (в том числе обусловленную естественным ростом поселений)».