В ночь на 11 ноября в районе границы между Израилем и территорией, оккупированной Иорданией в ходе Арабо-израильской войны 1947–1949 гг., взорвался заряд, подложенный боевиками Эль-Фатх (ООП). Погибли трое и было ранено 6 солдат.
13 ноября 1966 г. Израиль, в ответ на подрыв своих солдат двумя днями ранее, провел операцию против ООП. В ходе операции в деревне Саму на оккупированном Иорданией Западном берегу реки Иордан израильские войска взорвали 125 домов, погибли 15 иорданских военнослужащих и три мирных жителя.
Рейд вызвал волну демонстраций протеста против хашемитской династии на Западном берегу реки Иордан. Вслед за этим правительственные СМИ Иордании обвиняли Насера в том, что он «прячется за юбками войск ООН» и не пришёл на помощь Иордании вопреки своим более ранним обещаниям. Израильская операция была осуждена резолюцией 228 Совета Безопасности ООН, который предостерёг Израиль от повторения подобных акций. При этом причины рейда в резолюции упомянуты не были.
С апреля по май 1967 г. наблюдалось учащение боестолкновений на сирийско-израильской границе. В своем выступлении в Кнессете 22 мая 1967 г. премьер-министр Израиля Леви Эшколь возложил на Сирию ответственность за 113 инцидентов (подкладывание мин, диверсии и т. д.) в период с мая 1965 г. по май 1967 г. Он также обвинил Сирию в «возмутительных» обстрелах, включая артиллерийские, израильских фермеров и населенных пунктов, не вызванных какой-либо военной необходимостью. По результатам действий Сирии с июня 1966 г. Израилем было подано 34 протеста в Совет Безопасности ООН.
Ряд источников приводят слова Моше Даяна, сказанные им в частной беседе с журналистом Рами Талем в 1976 г., о том, что около 80 % столкновений было спровоцировано Израилем. Комментируя слова Моше Даяна, посол Израиля в США Михаэль Орен отметил, что, несмотря на наличие «элемента правды» в словах бывшего в те годы в политической оппозиции Даяна, следует учесть, что Израиль всегда рассматривал демилитаризованные зоны на своем севере, как часть его суверенной территории, которую он вправе обрабатывать. Кроме того, он отметил, что часть таких операций была связана с нарушением Сирией статус-кво в распределении водных ресурсов и поддержкой ею операций палестинцев против Израиля.
7 апреля 1967 г., после обстрела с сирийской территории работавшего в демилитаризованной зоне израильского тракториста, израильтяне открыли ответный огонь. Израильские самолёты попытались уничтожить позиции тяжёлой артиллерии на Голанских высотах, но подоспевшие арабские МиГи помешали этому. Пара «миражей» перехватила четверку сирийских МиГов и сбила два из них около Дамаска. Через полчаса израильские «Миражи» сбили над Голанскими высотами ещё три МиГ‐21.
12 мая агентство «United Press International» опубликовало сообщение: «…высокопоставленный израильский источник заявил, что Израиль предпримет ограниченную военную операцию с целью свергнуть дамасский военный режим, если сирийские террористы продолжат рейды с целью саботажа на территорию Израиля. Это будет решительный удар против сирийского правительства».
13 мая 1967 г. правительство Египта получило официальное уведомление правительства СССР о том, что израильские войска готовят нападение на Сирию, и что на северной границе Израиля с этой целью сконцентрировано от 11 до 13 израильских бригад. Датой предполагаемого израильского нападения было названо 17 мая. В тот же день, 13 мая, Сирия потребовала действий со стороны Египта для предотвращения предполагаемого нападения со стороны Израиля. Начальник египетского Генерального штаба Мухамед Фавзи срочно вылетел в Дамаск для консультаций.
14 мая Египет мобилизует свои силы в зоне Суэцкого канала и вокруг неё. 15 мая, в День независимости Израиля, египетские войска были переброшены на Синай и начали концентрироваться у израильской границы.
Летом 1967 г. Египет вывел свои войска из Северного Йемена. Вслед за этим покинули Южный Йемен и англичане. Была провозглашена Народная Демократическая Республика Йемен (НДРЙ).
У арабских стран не было единого плана войны, каждая страна имела свой план военных действий, не согласованный с планами других стран.
Египетский план войны состоял в том, чтобы на первом этапе прочной обороной измотать израильские войска на Синайском полуострове, нанести им тяжёлые потери и выиграть время для мобилизации. На втором этапе — перейти в контрнаступление и, нанеся главный удар из района Абу-Авейгилы, окружить и уничтожить израильские войска в южной части страны. Затем развить успех на Тель-Авив и во взаимодействии с вооруженными силами Сирии и Иордании нанести Израилю решительное поражение. В случае нападения Израиля на Сирию предусматривался переход в наступление.
План войны несколько раз менялся, из-за чего войска неоднократно перебрасывались из одного района в другой, получали новые задачи, которые не успевали усвоить, личный состав изматывался, возрос износ техники, снижалась боеспособность.