После арабского завоевания в истории коптской литературы начался новый период. Дидактические дели отодвигаются на второй план. Литература не только поучает, но и развлекает. В ходу много сказок, загадок, возникает поэзия, впервые в истории египетской литературы появляется рифмованный стих. Интересный памятник — легенда об Археллите — дошел до нас как в прозаическом, так и в стихотворном варианте. Первый из них восходит, возможно, к греческому прообразу, зато поэма — чисто коптское творение. Герой ее — монах, который дал обет не видеть женского лица и потому отказывается повидаться со своей матерью. Беседа между ними, ведущаяся через запертую дверь, разработана как песенная драма: каждая реплика пелась на определенный мотив, и диалог перемежался хорами. Исполнены глубокого чувства мольбы матери и ее плач по сыну, который умер, не выдержав душевной борьбы. В песенно–драматической форме —пение чередуется с речитативом — изложена и сказка о двух египетских батраках, Феодосии и Дионисии, из которых один становится императором, а другой — архиепископом. Было создано много песен на библейские сюжеты.
Когда коптский язык был вытеснен из практического употребления арабским (этот процесс завершился в начале II тысячелетия), он остался языком богослужения, причем первенство перешло от саидского, верхнеегипетского диалекта к бохайрскому, нижнеегипетскому, поскольку центры коптской патриархии находились в Нижнем Египте (в Александрии, затем в Каире). Бохайрский изучали в духовных и вообще в образованных кругах, подобно церковно–славянскому в России.
Последним памятником литературы на саидском диалекте была поэма «Триадон» (XIV в.), в которой саидский текст сопровождался арабским переводом. Автор призывает читателей хранить традиции своей культуры, изучать родной язык. Но саидский диалект становится все более трудным для понимания. Множество саидских произведений переводятся на бохайрский. На бохайрском диалекте создаются и поэтические произведения, преимущественно гимны в честь святых. Самым крупным поэтическим циклом была «Теотокия», гимны, посвященные Богородице, которые восходили к греческим и сирийским прообразам. Некоторые оды представляют собой переработку различных мест Писания. Как правило, это сочинения литургического характера и особыми художественными достоинствами они не отличаются.
Говоря о коптской литературе, следует упомянуть также научную и магическую литературу. Первая представлена главным образом медицинской литературой, но это, так сказать, народная медицина, назначение которой — чисто прикладное. Рецепты часто сопровождаются магическими заклинаниями и действиями. Медицинские справочники были в народе популярны, и к счастливым обладателям таковых — а рукописные книги были очень дорогими — обращались с просьбой одолжить их. Астрономия, как и медицина, носила прикладной характер — альманахи, таблицы положения звезд, расчеты для солнечных часов.
С греческого были переведены «Физиолог», написанный в III в. в Александрии, и трактат Епифания Кипрского «О самоцветах» (IV в.). В этих произведениях сведения из естественной истории соединяются с их толкованием в христианско–аллегорическом духе.
Знаменитый трактат Гораполлона об иероглифике, «Тайны египетских письмен», написанный, по–видимому, в конце IV в. и дошедший до нас в греческом переводе, пользовался у египтян и греков большим успехом. Очевидно, под его влиянием апа Себа в V‑VI вв. написал сочинение о тайнах греческих букв, придавая их написанию мистико–аллегорический смысл.
Магическая литература коптов, как и медицинская, — непосредственное продолжение древнеегипетской. Коптские магические тексты очень близки к демотическим. Заклинания разрастаются порой в целые мифы. Они имеют разнообразное назначение — погубить врага, вызвать любовь у любимой. Сохранилось даже заклинание против злой собаки.