Когда Египет при Октавиане Августе стал римской провинцией положение в нем греков не поколебалось. Август, желая сохранить Египет для себя лично как колоссальную доходную статью, дававшую императору большую экономическую силу, даже запрещал знатным римлянам посещать Египет без своего разрешения. Он выступил в качестве преемника Птолемеев, сохранив существовавший бюрократический аппарат. Греки по–прежнему господствовали в Египте, но власть Рима всей тяжестью легла на эксплуатируемые слои населения. С самого включения в состав Римской империи Египет рассматривался как источник дохода. В I в. Рим получал от Египта в месяц больше дохода, чем давала за год вся Иудея. Налоги росли и умножались; существовало более 450 разного рода налогов и поборов. Бюрократический аппарат, и без того огромный, все увеличивался, усиливая гнет и репрессии в попытках выжать больше доходов из нищавшего населения. Документы сохранили немало свидетельств о зверских расправах с неспособными налогоплательщиками. Правительственные вооруженные отряды совершали настоящие набеги. При этом иногда уничтожались даже каналы — часть животворной сети, питавшей почву Египта. Мелкие землевладельцы разорялись, увеличивалось крупное частное землевладение; его рост особенно наблюдается в III в.
В такой обстановке возрастала притягательная сила идей христианства. Людей привлекала не только и не столько надежда на воздаяние в жизни будущей за тяготы, перенесенные на земле, но и возможность идейного объединения, взаимной поддержки, ощущение своего морального превосходства над угнетателями. Несмотря на жестокие гонения, продолжавшиеся и в начале IV в., к этому времени в Египте было более миллиона христиан.
Гонения следовали почти непрерывно, с небольшими промежутками относительного спокойствия. Деций задался целью в корне истребить христианство. Указ его требовал от всех христиан продемонстрировать приверженность языческому культу совершением в присутствии специальной комиссии языческого обряда, после чего комиссия выдавала удостоверение. Отказывавшихся заключали в темницу, морили голодом и жаждой, пытали, и если все же не удавалось их принудить, казнили, отрубая голову, сжигая на костре, бросая на съедение диким зверям. После смерти Деция его преемник Галл издал новый указ, требуя повторных жертвоприношений. При новом гонении жестокие кары стали вызывать ропот даже среди язычников.
Валериан, сменивший Галла, первое время оставлял христиан в покое. В 257 г. он издал указ, в котором христианскому духовенству предписывалось совершить жертвоприношение, но отказ карался только ссылкой. По этому указу александрийский патриарх Дионисий вместе с некоторыми священнослужителями был сослан в Ливию. Через год последовал новый указ, повелевавший немедленно казнить всех священнослужителей; знатных лиц, отказавшихся от жертвоприношения, лишать званий и конфисковать их имущество, а если они будут продолжать упорствовать, казнить; знатных женщин ссылать, конфисковав имущество; служителей в императорских поместьях заковать в кандалы и сделать рабами. После Валериана престол занял его сын Галлиен, имя которого как соправителя стояло рядом с именем отца на указах о преследовании христиан. Но Галлиен прекратил гонения и даже возвратил христианам отобранные у них церкви и усыпальницы.
В продолжении последующих четырех с лишним десятилетий христианство не преследовалось. В начале IV в. разразилось самое длительное и самое жестокое гонение, вошедшее в историю как «великое гонение». В конце своего царствования император Диоклетиан под влиянием своего соправителя кесаря Галерия издал ряд указов против христиан. В начале 303 г. к стенам общественных зданий был прибит эдикт, в котором требовалось разрушить церкви, сжечь священные книги. Один христианин сорвал эдикт, за что был сожжен. Вскоре в императорском дворце в Никомидии вспыхнул пожар. Галерий обвинил в поджоге христиан, а те обвиняли его, говоря, что таким образом он хочет навлечь на них гнев императора. Диоклетиан подверг испытанию всех обитателей дворца. Отказавшиеся совершить жертвоприношение, даже женщины, были сожжены или утоплены. Последовал новый ряд эдиктов, повелевающих всем совершить жертвоприношение.
Евсевий описывает подвиги египтян–мучеников в Тире. «Видя их, кто не изумился бы при взгляде на неисчислимое множество бичей и на твердость в этом случае дивных поистине поборников богопочтения, а вслед за бичеванием при взгляде на их борьбу с кровожадными зверями, на нападения пантер, разного рода медведей, диких кабанов, разъяренных огнем и железом, и на дивную непоколебимость этих героев».