Десятого января 2000 года Ястржембский был освобожден от должности заместителя председателя правительства Москвы и назначен 21 января помощником по информационно-аналитической работе исполняющего обязанности президента РФ Владимира Путина. По некоторой информации, его «выдавили» из мэрии люди из окружения Лужкова, назначив одним из виновных в провале ОВР на выборах. Возвращению Ястржембского в Кремль способствовали, как говорят, его давние связи с Чубайсом и Валентином Юмашевым. В ведении Ястржембского была деятельность федеральных органов исполнительной власти, принимающих участие в проведении
В современной политике России, в прошлом и в настоящем, на различных государственных постах Сергей Ястржембский привносит значительный вклад в развитие и укрепление нашего государства.
Сергей Ястржембский владеет английским, португальским, французским и словацким языками; женат, имеет двоих сыновей; увлекается теннисом, библиофил, филателист, обладатель коллекции марок – портретов политических деятелей ХХ века. Одним из увлечений Ястржембского является конкур. Он даже участвует в соревнованиях в качестве всадника. Любовь к конкуру объясняет так: «Это замечательные животные, умные, тонкие. И для того чтобы овладеть хотя бы основами мастерства конкура, надо очень многому научиться, и, прежде всего, понимать своего партнера – лошадь. Они все разные. Каждая со своим характером, норовом, психологическими особенностями. Поэтому всадник должен быть немного психологом, уметь контролировать свои нервы.»
Владимир Путин наградил Сергея Ястржембского орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени. В указе отмечается, что Сергей Ястржембский награжден «за заслуги в реализации внешнеполитического курса РФ и большой вклад в развитие отношений между Россией и ЕС». Ранее Сергей Ястржембский уже получал высокую награду. В 2003 году он был награжден золотым почетным знаком «Общественное признание». Этой высшей общественной награды России Ястржембский был удостоен за вклад в укрепление российской государственности, национальной безопасности России, а также за активную общественную и политическую позицию. Как подчеркнул Сергей Ястржембский, «в нашей жизни ничто не дается так тяжело и не ценится столь высоко, как общественное признание». Он выразил благодарность за оценку своей работы «на одном из самых трудных участков в жизни – на чеченском направлении».[40]