Хотя губернатор провинции Кундуз Мохаммад Омар вскоре сообщил журналистам, что «в результате авиаудара авиации НАТО по украденным бензовозам погибли только талибы и воры», командующий Международными силами содействия безопасности в Афганистане генерал Стэнли Маккристал взялся лично провести расследование, чтобы точно выяснить число погибших и пострадавших, а также уточнить обстоятельства печального инцидента. Тем паче что начальник провинциальной полиции бригадный генерал Абдул Рахман сообщил СМИ, что от взрыва бензина погибли в том числе и мирные жители. Надо отдать должное генералу Маккристалу: вскоре он подтвердил информацию, озвученную афганским полицейским, - признал наличие жертв среди мирных жителей после той бомбежки. Миссия ООН по содействию Афганистану (UNAMA) также направила в район, где случилась трагедия, спецкомиссию для осуществления контроля за доставкой материальной помощи семьям пострадавших, а также прояснения истинных причин и подробностей инцидента. Таким образом, расследование по настоящее время проводится афганской государственной комиссией, представителями ООН и НАТО.
По распоряжению президента Афганистана Хамида Карзая главой правительственной комиссии, которая в течение двух дней расследовала обстоятельства бомбардировки, был назначен высокопоставленный представитель МВД этой страны Мирза Мохаммад Ерманд. В интервью национальному телевидению Афганистана он назвал главного виновника той трагедии - полевого командира движения «Талибан» муллу Абдурахмана. По словам офицера МВД, население Кундуза, те, кто потерял в этой трагедии родных и близких, должны знать, что ответственность за произошедшее несет мулла Абдурахман. Офицер сообщил, что захваченные талибами бензовозы принадлежали владельцу-афганцу, а полевой командир обманул людей, объявив, что это машины американцев. Один из водителей бензовозов был убит талибами, другой покалечен. А вследствие бомбардировки погибли 82 человека, из которых 45 были боевиками «Талибана». Офицер также признал, что это не окончательное число жертв: как утверждают очевидцы, уже похоронено не менее 100 тел, но «многие до сих пор не могут найти останки своих близких и родных, не исключено, что они унесены водой». Всего же, по данным сотрудников афганского МВД, в этом инциденте могли быть убиты и ранены около 400 человек.
Что же касается расследования, проводимого представителями НАТО, то по его предварительным результатам, как передают журналисты одного частного афганского телеканала, в кундузской трагедии виновен немецкий полковник Георг Кляйн - мол, офицер отдал команду произвести бомбардировку вопреки некой инструкции. Поэтому в обоснованности его действий также уже разбирается немецкая прокуратура в Потсдаме.
Не остались в стороне и политики стран - членов Североатлантического альянса. Причем, как сообщает Deutsche Welle, в их стане возникли нешуточные разногласия, выплеснувшиеся наружу на встрече министров иностранных дел стран ЕС в Стокгольме 4-5 сентября. Получив известия о трагедии в Кундузе, представители ряда стран подвергли резкой критике действия офицера бундесвера. Так, министр иностранных дел Франции Бернар Кушнер назвал их «большой ошибкой», председательствующий на этом форуме глава МИДа Швеции Карл Бильд заставил многих крепко призадуматься над сказанной им фразой: «Убивая, мы не выиграем эту войну». Упреки в адрес немецких военных последовали и от руководителей внешнеполитических ведомств Испании, Италии и Люксембурга.
Вынужденный реагировать на критику, министр обороны ФРГ Франц Йозеф Юнг целиком встал на защиту подчиненного, заявив, что «вообще не понимает тех голосов, которые, не зная положения вещей и подоплеки, слишком поспешно критикуют военные действия». Якобы командир немецкого гарнизона располагал четкими сведениями, что талибы захватили бензовозы для террористического удара по опорной базе бундесвера в Кундузе. В свою очередь канцлер Германии Ангела Меркель выразила глубокую озабоченность наличием жертв среди мирного населения после авиаудара в зоне ответственности бундесвера и высказала сожаление по поводу гибели мирных афганцев. Как и глава военного ведомства, канцлер не стала делать из полковника Кляйна «козла отпущения», пообещав провести тщательное расследование инцидента и особо подчеркнув, что до окончания разбирательства кому бы то ни было следует избегать преждевременных огульных обвинений.