В октябре 1878 г. было решено обновить состав КПС и в него вошли: Э.Б. Банк, М.У. Берлин, И.А. Вавельберг, М.А. Варшавский, Е.О. Габрилович, А.Я. Гаркави, И.А. Гольдберг, Ф.М. Зелиг, Р.Ф. Ильиш, А.А. Кауфман, О.Л. Клейнадель, С.В., Н.Л. и П.Я. Левинсоны, Д.Г. Малис, Г.М. Рабинович, А.М. Соловейчик, Я.Н. Трауготт, Д.Ф. Фейнберг, Л.П. Фридланд и Ю.Ф. Эдельберг. Официально председателем этого комитета являлся Г.О. Гинцбург, а фактически им был А.А. Кауфман. Для ведения текущих дел создали Распорядительный комитет, в который вошли члены правления ПХС, а также Э.Б. Банк, И.А. Вавельберг, М.А. Варшавский, Н.Л. Левинсон, Д.Г. Малис. Все эти органы вступили в действие с 1 декабря 1878 г., и их общим секретарем назначили Л.О. Гордона. Занимавшийся в это время попечительством больных А.Г. Каплун для обеспечения их плодотворной работы нанял специальное помещение (ул. Пржевальского, 7–1). Опубликовали призыв к жертвователям начать делать взносы, решили в последующем продавать в постоянное пользование половину мужских мест в главном зале. Была составлена программа подготовки эскизного проекта с описанием особенностей строительства ПХС, основных ее помещений, подписанная архитекторами Л.И. Бахманом и И.И. Шапошниковым. Вместе с тем объявили проведение конкурса проектов. Для их оценки образовали Экспертную комиссию, включив в нее известных строителей (О.В. Белинского, Д.И. Гримма), знатока искусств В.В. Стасова, который в 1872 г. выступил по поводу рекомендуемого им облика ПХС. Он считал, что ей подходит арабо-мавританский стиль как наиболее близкий к исчезнувшему древнему еврейскому. В результате рассмотрения предпочтение было отдано проекту, составленному Л.И. Бахманом и И.И. Шапошниковым.12
В феврале 1880 г. они представили ее проект на 1490 мест для молящихся. Его направили на рассмотрение в Городскую управу, где он получил положительную оценку. Как полагалось, эскиз фасада ПХС надо было представить императору на утверждение. Однако градоначальник написал в МВД свое отрицательное мнение: фасад ПХС слишком великолепен по сравнению с христианскими храмами, превышает их по высоте. И после доклада министра Александр II проект не одобрил. Архитекторы сделали новые чертежи. При этом размеры ПХС были существенно уменьшены. 16 мая 1881 г. Александр III утвердил эскизный проект, после чего был составлен более подробный. Евреи дополнительно образовали Строительный комитет, в который избрали А.М. Варшавского, С.Э. Вейсблата, Е.О. Габриловича, Д.Г. Гинцбурга, И.К. Гурвича, А.А. Кауфмана (пред.), Н.Л. Левинсона, А.М. Соловейчика. Разработку рабочих чертежей и наблюдение за строительством поручили архитектору А.В. Малову с группой помощников. Потом их консультировали такие специалисты, как Н.Л. Бенуа, Р.Б. Бернгард, А.О. Томишко.
Весной 1883 г. началась очистка площадки, подготовка рвов под фундамент. Однако в связи с необходимостью корректировки проекта работы были прерваны и снова начаты весной следующего года. В феврале 1885 г. председателем Строительного комитета вместо А.А. Кауфмана избрали С.С. Полякова, внесшего весьма весомый вклад в строительство. В 1890 г. им стал Д.С. Поляков, который заменил умершего брата. Казалось, что ПХС будет выстроена за короткое время. Однако уже к концу 1885 г. средств стало катастрофически не хватать, так как не все жертвователи выполняли свои обещания. Финансирование и все последующее время осуществлялось с большими трудностями. Положение несколько улучшилось в июле 1887 г., когда был открыт кредит в Санкт-Петербургско-Московском коммерческом банке. Но это не могло решить всех проблем, привело к отказу от отделки ряда помещений, существенно увеличило сроки проведения заключительных работ. 19 сентября 1886 г. губернатор разрешил проводить богослужение в левой пристройке к главному зданию – Малой синагоге, строительство которой было тогда завершено. Туда перевели Временную молельню. И первое богослужение в ней состоялось 2 октября.13
3 ноября 1893 г. Комиссией по освидетельствованию вновь построенной еврейской синагоги, созданной Городской управой, был составлен акт о готовности здания. На основе его Городская управа 19 ноября постановила: «Выдать удостоверение Петербургскому еврейскому обществу на право использования здания. Член Управы Н. Бенуа». Имеется «Свидетельство» на бланке городского головы от 27 ноября 1893 г. в котором указано, что «со стороны Городской управы не встречается препятствий к открытию для публики вновь выстроенной синагоги». Было отмечено, что общее число сидячих мест в главном зале составляет 1230, из них 734 мужских (в партере) и 496 женских (на хорах).14