А. III М. не разлучался с Гефестионом вплоть до его гибели в Вавилоне. А. III М. несколько дней оплакивал невосполнимую утрату. Он похоронил друга с почестями, достойными богов. Курций упоминает еще одного юношу, который был близок с А. III М. По его словам, Эуксенипп (Euxenippus) сильно походил на Гефестиона, но выглядел менее мужественным. В оригинале Курций называет Эуксениппа conciliatus – тонкая игра слов, подразумевающая и друга и любовника. Глубокой симпатией А. III М. пользовался также персидский евнух Багоас. В 325 до н. э. во время очередного военного триумфа, он восседал рядом с царем и целовался с ним под ликующие возгласы солдат.
Отношения А. III М. с женщинами развивались параллельно и были еще более интенсивными и запутанными. Известно по крайней мере, о двух или трех его браках. Первой женой А. III М. стала Роксана (перс. Roshanak), дочь бактрианского феодала Оксиарта из Балка. Она родилась ок. 341 до н. э., хотя точная дата неизвестна. А. III М. женился на ней в 327 до н. э. во время пребывания в крепости Согдиана в Бактрии. Бактрия (тогда восточная Персия, теперь северный Афганистан) оставалась последней непокоренной областью персидской империи. Брак А. III М. во многом имел политическую подоплеку, хотя, вполне возможно, он испытывал к Роксане искренние чувства.
Плутарх так комментировал это событие: «И его брак с Роксаной, красивой и цветущей девушкой, в которую он однажды влюбился, увидев её в хороводе на пиру, как всем казалось, вполне соответствовал его замыслу, ибо брак этот сблизил Александра с варварами, и они прониклись к нему доверием и горячо полюбили его за то, что он проявил величайшую воздержанность и не захотел незаконно овладеть даже той единственной женщиной, которая покорила его». Роксана сопровождала А. III М. во время похода в Индию. В 323 до н. э., спустя уже полгода после его смерти, она родила сына, известного под именем Александр IV.
Неизвестно, успел ли А. III М. развестись с Роксаной, однако за год до смерти он последовал распространенной в Греции традиции жениться на потомках знатных персиян. Его избранницей стала Статейра II (Stateira II, 346—323 до н. э), дочь Статейры I и персидского царя Дария III. Арриан в своем сочинении «Анабасис» называл эту девушку Барсиной. В 333 до н. э. она попала в плен грекам после победы над персами при Иссузе. Ранее Статейра была помолвлена с губернатором Вавилона Мазеусом, который умер в 328 до н. э.
Пышная свадьба А. III М. состоялась в 324 до н. э. в Сузах. В 327 до н. э. Статейра родила ребенка, названного Гераклом (Heracles). Почувствовав угрозу своим правам, первая жена царя Роксана жестоко расправилась с соперницами. Она приказала убить Статейру II и ее сестру Дриптею, а тела выбросить голодным собакам. Роксана пользовалась покровительством матери А. III М. Олимпии вплоть до ее гибели в 316 до н. э., однако постепенно упустила бразды правления. Ок. 309 до н. э. Роксана и ее несовершеннолетний сын погибли от рук Кассандера, нового претендента на македонский престол.
Согласно Аристобулу, у А. III М. была еще и третья жена – некая Парисатис (Parysatis), младшая дочь персидского царя Артаксеркса III. По сообщению Диодора Сицилийского: «В дополнение ко всему, он завел любовниц числом не меньше, чем дней в году, отобранных со всех концов Азии. Каждую ночь их приводили к ложу Александра, чтобы он мог бы выбрать ту, с которой хочет остаться». Особой симпатией царя пользовалась знаменитая гетера Таис.
Героическая судьба А. III М. породила немало легенд. Так, одна из них приписывает Александру связь с царицей амазонок. Осенью 330 до н. э. он, якобы, гостил у Фалестрис (Thalestris, иначе Minythyia или Thalestria) на южном побережье Каспийского моря. Царица проделала огромный крюк, чтобы увидеть А. III М. Она пришла в такой восторг, что предложила немедленно зачать с ней ребенка. Пара провела вместе тринадцать дней (Юстин, 12.3; Диодор, 17.77), в течение которых А. III М. «удовлетворял ее страсти» (Курций, 6.5). Фалестрис покинула расположение А. III М. только, когда почувствовала себя беременной.