«Империалисты» с Апеннинского полуострова вышли на авансцену в 30 году до н. э., когда Октавиан победил Клеопатру, последнюю из Птолемеев, и включил Египет в пределы «римского мира» (Pax Romana). Обосновавшись в Египте, римляне, подобно грекам, «адаптировали» древних египетских богов к своим традициям и верованиям (так, Амона они отождествляли с Юпитером, а Осириса — с Вакхом). При этом Египет считался задворками империи; Александрия оставалась по большей части греческой, а Вавилон так и не сумел стать чем-то большим, нежели отдаленным гарнизонным постом.
Христианство начало распространяться в Египте вскоре после прихода римлян — во времена самого Христа. Евангелист Матфей рассказывает о бегстве Святого Семейства из Вифлеема в Египет после того, как вещий сон открыл Иосифу, что царь Ирод намеревается найти и убить младенца Христа. Ирод и в самом деле расправился со всеми мальчиками моложе двух лет в своем царстве; по словам Матфея, Святое Семейство вернулось в земли Израиля только после смерти Ирода.
Весьма вероятно, что именно в Вавилоне Семейство укрывалось от преследований, а путь туда пролегал через Кантару, Бильбеис (в Дельте) и Гелиополь. Священные места, на которых Семейство останавливалось во время бегства, ныне находятся в Гелиополе и в Старом Каире, хотя их географическая привязка — скорее дань традиции, чем установленный и подтвержденный факт. Схожим образом нет никаких доказательств того, что именно Вавилон послужил укрытием Святому Семейству, не считая того обстоятельства, что здесь проще всего было спрятаться: в ту пору в Вавилоне проживала крупная иудейская община, традиционно ненавидевшая римлян (а до того — греков). Однако не Вавилону, а Александрии суждено было стать тем местом, откуда христианство начало распространяться по Египту — меньше чем через пятьдесят лет после того, как в стране побывал младенец, создавший эту религию.
К середине I столетия н. э. египтяне открыто выступали против римского владычества, негодуя на законы, грабительские налоги и насильственные рекрутские наборы. И в эту «унавоженную почву» бросил семена святой Марк, прибывший в Александрию, по коптской легенде, в 45 году, чтобы проповедовать новую веру среди обездоленных и разочарованных. По преданию, когда Марк направлялся из порта в город, у него лопнула завязка сандалии. Иудейский сапожник по имени Анания поранил себя, когда чинил сандалию, но Марк чудесным образом исцелил рану — и тем самым обрел первого последователя из египтян. В 61 году н. э. Марк стал первым патриархом Александрии, фактически — первым коптским папой (хотя современники, возможно, воспринимали его исключительно как главу подозрительной религиозной секты); копты ведут апостолическую традицию именно от Марка, как католики — от святого Петра. Всего год спустя патриарха казнили за то, что он посмел критиковать почитание «комбинированного» греко-египетского божества Сераписа.
Многие десятилетия после смерти Марка новая вера оставалась в подполье, однако к ней все больше и больше примыкали те, кто ненавидел римлян. Последние, ощущая нарастающую угрозу своему положению, укрепляли военное и экономическое присутствие в Египте. При императоре Траяне (98—117) был заново открыт канал из Нила в Красное море, строительство которого завершилось при персидских царях, а началось еще при фараоне Нехо II около 600 года до н. э. Кроме того, римляне возвели в месте, где канал отходил от реки, укрепление, два круглых бастиона которого сохранились до сегодняшнего дня. При этом, несмотря на увеличение товарооборота благодаря каналу, Египет оставался отдаленной провинцией империи, имевшей значение лишь постольку-поскольку (правда, пирамиды, как мы видели, уже превратились в своего рода туристический аттракцион, а в метрополию из Египта в больших объемах поставлялось зерно).
Христианство постепенно укреплялось как в Александрии, так и в Вавилоне. Духовные наследники Марка, распространявшие Божье Слово среди тех, кто все более охотно им внимал, обнаружили, что новая вера пользуется популярностью у местного населения, уже знакомого с идеями воскрешения, загробной жизни и божественного суда. Все эти представления присутствовали в языческой теологии Древнего Египта. Но прежде крестьянам-феллахам внушали, что рай доступен лишь богатым, способным оплатить услуги бальзамировщиков, жрецов и строителей гробниц, а также — снабдить себя всем необходимым для жизни за гробом. Теперь же, как утверждали проповедники христианства, вечная жизнь стала доступной всем, а не только обладающим достатком и могуществом.