Одно серьезное опасение, связанное с криоконсервацией, вызывает возможная деградация эмбрионов. В 2010 году гинеколог Райан Риггс и его коллеги попытались выяснить, существует ли отрицательная зависимость между временем хранения эмбрионов, процентом выживания эмбрионов и количеством удачных беременностей. Они проанализировали данные о примерно 12 000 замороженных эмбрионов, использованных в период с 1986 по 2007 год, и обнаружили, что время хранения не влияет на выживание эмбрионов после их переноса в матку. Более того, оно не влияет также на процент осложненных беременностей и выкидышей, на число имплантировавшихся эмбрионов и на число рождающихся нормальных детей. Основная сложность, возникающая при использовании криоконсервированных эмбрионов, – многоплодие. Это непосредственный результат сомнительной практики переноса в матку сразу многих эмбрионов для повышения вероятности успешной беременности.
Как и в случае искусственной инсеминации, ЭКО может проводиться с использованием как собственной яйцеклетки женщины, которая хочет забеременеть, так и донорской яйцеклетки другой женщины. Также можно взять яйцеклетку женщины, которая бесплодна, например, из-за проблем с маткой и сама не может вынашивать детей, и после искусственного оплодотворения перенести эмбрион для дальнейшего развития в матку плодовитой женщины. В случае гетеросексуальных пар можно использовать как сперму партнера, так и донорскую сперму. Лесбийские пары для зачатия ребенка могут воспользоваться донорской спермой. Первый перенос эмбриона, полученного из яйцеклетки одной женщины, в матку другой женщины был произведен в июле 1983 года и привел к успешному рождению ребенка в 1984 году. Эта процедура, называемая «суррогатное материнство», производится при различных показаниях, и о ней есть много противоречивых отзывов, в особенности потому, что с ее использованием связаны сложные юридические проблемы. Так как суррогатная мать может получать плату за свои услуги, на «суррогатное материнство» иногда навешивают оскорбительные ярлыки вроде «матки напрокат» и «беременности на стороне». В некоторых странах «суррогатное материнство» запрещено законом, в других же официально разрешено.
Развитие технологии ЭКО позволило оплодотворять яйцеклетку одним сперматозоидом, вводимым в нее с помощью микроинъектора. Первыми эту процедуру, впоследствии названную «внутрицитоплазматическая инъекция сперматозоида» (метод ИКСИ, интрацитоплазматическая инъекция сперматозоида – от английского ICSI – intracytoplasmic sperm injection), провели эмбриологи Поль Деврой и Андре Ван Стейртегхем в 1992 году. ИКСИ в основном используется для лечения мужского бесплодия, но также в тех случаях, когда яйцеклетка плохо проницаема для сперматозоида. Иногда ИКСИ применяется просто для более надежного экстракорпорального оплодотворения, особенно с помощью донорской спермы. Использование ИКСИ вызывает озабоченность, так как при этом обходятся естественные способы отбраковывания сперматозоидов при оплодотворении. Сейчас появилась возможность проверять способность сперматозоидов прикрепляться к оболочке яйцеклетки для предварительного отбора перед использованием их для ИКСИ. Тем не менее постепенно накапливаются доказательства того, что при использовании ИКСИ, так же как и обычного ЭКО (когда к яйцеклетке просто добавляют сперму с большим количеством сперматозоидов), чаще появляются дети с пороками развития. Первое сообщение об этом было опубликовано в 2002 году специалисткой по здравоохранению Мишель Хансен. Исследовательница и ее команда пришли к выводу, что риск рождения ребенка с пороком развития при использовании ИКСИ в два раза превышает риск при естественном зачатии. Однако такой же результат получился при исследовании обычного ЭКО, так что ИКСИ не связан ни с каким дополнительным риском. В 2004 году изобретатели ИКСИ Деврой и Ван Стейртегхем опубликовали обзор, посвященный 10-летнему использованию ИКСИ. Они подчеркивали, что благодаря ИКСИ многие пары, которым до изобретения ИКСИ пришлось бы использовать донорскую сперму, смогли иметь своего собственного ребенка, с геномом обоих родителей. Они также подтвердили, что, хотя при использовании ИКСИ риск возникновения уродств выше, чем при естественном зачатии, он не выше, чем при использовании обычного ЭКО.