Первая задача, поставленная Тургеневым в ходе работы над романом, – создать портрет современного нигилиста, совершенно не похожего на скептиков и «нигилистов» предшествующего, дворянского поколения. Вторая, более важная задача существенно дополнила первую: Тургенев, «Колумб» русских нигилистов, хотел создать не просто «паспортный» портрет, а портрет-«прогноз» современного нигилизма. Цель писателя – рассмотреть его как опасное, болезненное поветрие, способное завести человека в тупик. Решение этих двух задач требовало максимальной авторской объективности: ведь, по убеждению Тургенева, нигилизм – не только одно из множества современных идейных течений, популярное среди «детей», обусловленное их неприятием мировоззрения «отцов», но прежде всего коренное изменение точки зрения на мир, на смысл человеческого существования и традиционные жизненные ценности.
Тургенева-романиста всегда интересовали фигуры скептиков, «истинных отрицателей», однако он никогда не уравнивал «отрицателей» 1830-х – 1850-х гг. и «нигилистов». Нигилист – человек другой эпохи, другого мировоззрения и психологии. Это разночинец-демократ по происхождению, естествоиспытатель, а не философ по убеждениям и культуртрегер (просветитель) по пониманию своей роли в обществе. «Благоговение к естествознанию», культ естественнонаучного эксперимента, знаний, основанных на опыте, а не на вере, – характерная черта молодого поколения, отделившая его от «отцов»-идеалистов.
В статье «По поводу "Отцов и детей"» Тургенев отметил, что личность одного из «естественников», молодого провинциального врача «доктора Д.» и легла «в основание» фигуры Базарова. По словам писателя, «в этом замечательном человеке воплотилось – на мои глаза – то едва народившееся, еще бродившее начало, которое потом получило название нигилизма». Но в подготовительных материалах к роману никакого «доктора Д.» Тургенев не называет. Характеризуя Базарова, он сделал такую запись: «Нигилист. Самоуверен, говорит отрывисто и немного – работящ. – (Смесь Добролюбова, Павлова и Преображенского)». Таким образом, первым среди прототипов назван именно критик и публицист Добролюбов: современники, в частности Антонович, не обманывались, считая, что Базаров – его «зеркальное» отражение. Другой прототип, И. В. Павлов, с которым Тургенев познакомился в 1853 г., – провинциальный врач, ставший литератором. С. Н. Преображенский был институтским товарищем Добролюбова и одним из авторов «Современника». «Смесь» индивидуальных психологических качеств этих людей и позволила писателю создать образ Базарова, отразивший новое общественно-идеологическое явление. В личности героя Тургенев подчеркнул прежде всего конфликт с «отцами», их убеждениями, образом жизни, духовными ценностями.
Уже на первом этапе работы над основным текстом «Отцов и детей» (август 1860 – июль 1861 г.) отношение Тургенева к герою-нигилисту было крайне сложным. Комментируя роман, он отказывался от прямых оценок Базарова, хотя свое отношение к героям предшествующих романов откровенно высказывал друзьям. На втором этапе работы (сентябрь 1861 – январь 1862 г.), внося поправки и дополнения с учетом советов П. В. Анненкова и В. П. Боткина и замечаний редактора журнала «Русский вестник» М. Н. Каткова, Тургенев усилил в Базарове отрицательные черты: самомнение и самонадеянность. Писатель решил, что в первоначальной редакции романа фигура Базарова получилась слишком яркой и потому совершенно непригодной для консервативного «Русского вестника», в котором предполагалась публикация «Отцов и детей». Облик идейного противника Базарова Павла Петровича, наоборот, по требованию бдительного Каткова был несколько «облагорожен». На третьем этапе создания романа (февраль – сентябрь 1862 г.), уже после его журнальной публикации, в текст были внесены существенные поправки, касавшиеся в основном Базарова. Тургенев счел важным провести более четкую грань между Базаровым и его антагонистами (прежде всего Павлом Петровичем), между Базаровым и его «учениками» (Аркадием и особенно Ситниковым и Кукшиной).
В «Отцах и детях» Тургенев вернулся к структуре своего первого романа. Как и «Рудин», новый роман стал произведением, в котором все сюжетные нити сошлись к одному центру – новой, растревожившей всех читателей и критиков фигуре разночинца-демократа Базарова. Он стал не только сюжетным, но и проблемным центром произведения. От понимания личности и судьбы Базарова зависела оценка всех других сторон тургеневского романа: системы персонажей, авторской позиции, частных художественных приемов. Все критики увидели в «Отцах и детях» новый поворот в его творчестве, хотя понимание этапного смысла романа было, разумеется, совершенно разным.