Эта материальная забота о бедняках и безработных Кронштадта была только началом, первой ступенью в деле помощи отца Иоанна ближним. Главная его помощь людям заключалась не в материальных пособиях, а в молитвенной помощи страждущим и болящим. Этот последний вид пастырского служения отца Иоанна и прославил его, сделал имя его известным по всей Россия и обратил его во Всероссийского пастыря и молитвенника.
На этом именно пути и излились через отца Иоанна многократные милости Божии людям скорбящим и страждущим от телесных и душевных недугов. Я не имею возможности в этой беседе обрисовывать во всей полноте эту деятельность отца Иоанна; она описана в его различных биографиях. Я же только отмечаю эту деятельность как последний и высший предел его самоотверженного пастырского служения ближним.
В отце Иоанне было поразительное дерзновение молитвы, источником которого было чувство живой близости к Богу, выросшее в нем благодаря постоянному подвигу и ежедневному причащению Святых Таин и чистоте жизни. Он молился о больных всегда своими собственными горячими словами, стоя на коленях, горячо, властно, с ударением, точно требуя от Господа чуда. И чудо совершалось в самых безнадежных случаях, к удивлению врачей и профессоров больные выздоравливали. Об этом периоде жизни и деятельности отца Иоанна мы имеем его собственные рассказы в беседах, какие он вел в разных местах с пастырями.
Вот рассказ слушателя одной из таких бесед: «Перед нами стоял благообразный старец. Лицо его ясное и откровенное, приятно и сердечно улыбающееся, благодушно мирное, благодатное. Светлые, доверчивые, ласковые глаза, твердая и уверенная речь… в отце Иоанне нет ничего болезненно нервного, никакой экзальтации… Это самый покойный, ровный, жизнерадостный, смиренный, предупредительный пастырь. Свою речь он начал так: «Достопочтенные отцы и братие, мне вас учить нечему. Вы сами богаты опытом жизни, но так как вы меня спрашиваете, то я вам скажу. Я стараюсь быть искренним пастырем не только на словах, но и на деле — в жизни. Поэтому я строго слежу за собой и своим душевным миром, за своим внутренним деланием. Я веду дневник, где записываю свои уклонения от Закона Божия, проверяю себя и стараюсь исправляться. Я целый день в делах, с утра до поздней ночи. Мне приходится часто путешествовать по разным местам России. Меня осаждают каждый день просьбами, так что иногда мне тяжело и не хочется, но я делаю, стараюсь удовлетворить всех просителей. Где бы я ни был, а особенно в Кронштадте, я ежедневно сам совершаю Литургию и искренно, сердечно, благоговейно приношу Святую Бескровную Жертву Богу о грехах своих и всех православных христиан. Молящиеся видят и чувствуют мое искреннее благоговейное служение и сами проникаются святыми чувствами и молятся усердно. За каждой воскресной Литургией я проповедую живое слово Божие. В моих поучениях изображается моя внутренняя жизнь, моя душа. Я беспощадно караю грехи, пороки и страсти человеческие, обличаю заблуждения сектантов и раскольников. Благодаря Богу я сам вижу плоды своих пастырских трудов — в Андреевском соборе народу бывает тысяч до пяти, и все это множество слушает меня как один человек, никакого шума и толкотни. Глаза всех устремлены на меня. Когда я выхожу из храма, меня с любовью окружает народ, все с сияющими лицами, у всех видно благодатно радостное настроение. Все это плоды моей молитвы и проповеди.
Извините меня, досточтимые пастыри, что я говорю так о себе. Боже сохрани, чтобы я говорил это для самовосхваления. Боже упаси! Нет, не я все это делаю, а благодать Божия, почивающая на мне — священнике. Меня часто приглашают для молитв в богатые и знатные дома, где много жертвуют. Этими жертвами я делюсь с нищими… Я посылаю свои лепты в учреждения и в Божия Церкви, делюсь с собратиями пастырями и вообще бедными людьми. Ко мне часто приносят больных, так называемых бесноватых, и просят, чтобы я помолился о них. В этих случаях я действую простотой своей веры… О, братие! Нам много дано от Господа Бога благодати, и если мы сохраним этот дар Божий, то мы непобедимы! Вот, досточтимые пастыри, как я служу для славы Божией, для Православной Церкви и распространения веры Православной. Все это говорю вам искренне, как сопастырям и по вашему желанию, для пользы пастырского служения Святой Церкви и Отечества нашего».
В другом случае, в беседе с другими пастырями, отец Иоанн особенно подробно рассказывал о своем даре чудотворения: