Боязнь распространения революционных принципов вызвала усиленное преследование всех лиц, заподозренных в либеральных идеях, и изгнание из Португалии французов. Иоанн заключил с Англией союз против Французской республики и соединил свои силы с испанскими. Испания вскоре заключила мир с Францией, но Португалия осталась верна Англии, вследствие чего между ней и прежней союзницей вспыхнула война. Англия назначила Португалии субсидию в 200 000 фунтов стерлингов и отправила к ней на помощь 6000 солдат; но кампания окончилась в несколько дней весьма невыгодно для Португалии. В Бадахосе 6 июня 1801 года был заключен мир, по которому Оливенца с ее окрестностями была уступлена Испании, Гвадиана объявлена границей между обоими государствами, доступ английским судам в португальские порты закрыт. Мадридский мир 24 сентября был еще более выгоден для Франции; только всеобщий мир в Амьене (1802) вернул Португалии некоторые из отнятых у нее колоний. Наполеон, желавший совершенно уничтожить союз Португалии с Англией, решил свергнуть с португальского престола Браганцский дом, который он ненавидел за несогласие примкнуть к его континентальной политике. 29 октября 1807 года в Фонтенбло был подписан договор с Испанией, которым было постановлено завоевание Португалии и разделение ее на три части: одна должна была быть оставлена нейтральной, другая – передана королю Этрурии взамен его итальянских владений, а третья должна была образовать независимое королевство для Годои, могущественного испанского министра. Португальский королевский дом бежал в Бразилию; Жюно вступил в пределы Португалии вместе с испанскими войсками. Захватив Лиссабон, Жюно в 1808 году учредил временное правительство, состоявшее отчасти из приверженцев французской партии, отчасти из членов регентства, образовавшегося после бегства Иоанна. Оно издало множество декретов, из которых одни предписывали открытие новых каналов и устройство новых дорог, другие были направлены к поднятию сельского хозяйства и к уничтожению всевозможных злоупотреблений и предрассудков, укоренившихся в португальском обществе. Наряду с этим получено было от Наполеона предписание собрать с Португалии 100 миллионов франков, что возбудило сильнейшее недовольство как низших, так и высших классов. Народ восстал; в Порту учреждена была хунта. При помощи англичан португальцы одержали победы над французами 17 и 21 августа. По договору в Синтре Жюно обязался очистить Португалию и сдать все крепости, находившиеся в его руках. Вновь было установлено регентство, но, в сущности, управлял страной присланный Англией лорд Бересфорд, возбудивший всеобщую ненависть. Военный бюджет поглощал две трети дохода; треть офицерских должностей была занята англичанами. После смерти королевы Марии в 1816 году на престол Португалии и Бразилии вступил принц-регент под именем Иоанна VI (1816–1826). Народ и войско желали, чтобы королевская семья вновь поселилась в Португалии и управляла Бразилией из Лиссабона, но двор желал обратного и противился отъезду в Португалию. Иоанн VI предложил наиболее знатным представителям дворянства и наиболее богатым купцам переселиться в Бразилию и намеревался воспользоваться деньгами и войсками метрополии для покорения Уругвая. Все это привело в 1817 году к военному заговору, который стоил жизни генералу Фрейре и одиннадцати другим участникам. Ненависть к Бересфорду еще более усилилась. Когда вспыхнула испанская революция (1820), Бересфорд поехал в Бразилию, чтобы лично переговорить с королем. 24 августа 1820 года в городе Порту вспыхнуло восстание и была образована временная хунта, которая должна была управлять от имени короля до созыва кортесов. Лиссабон присоединился к восстанию, регентство было низложено, хунты Порту и Лиссабона слились в одну; созваны были кортесы, которые должны были выработать новую конституцию. Инквизиция была отменена, все остатки феодализма уничтожены; лорд Бересфорд, вернувшийся из Бразилии, не мог уже войти в Лиссабонскую гавань. Пруссия, Австрия и Россия отозвали своих послов. Англия обратилась к королю с настоятельным требованием о возвращении. Заявив, что лиссабонская конституция распространяется и на Бразилию, и назначив регентом Бразилии своего сына Педро, Иоанн со всей семьей отправился в Европу, куда прибыл 3 июля 1821 года. Его не допустили высадиться, пока он не подписал проекта конституции, составленного в резко демократическом духе. После окончательной выработки этой конституции он присягнул ей (1822) и принудил к тому же своего второго сына, Мигуеля (Мигела). Жена его Карлотта старалась, однако, подавить конституционную жизнь и побуждала к тому и Мигуеля. Устроенная графом Амаранта контрреволюция потерпела неудачу, но в мае 1823 года Мигуель склонил на свою сторону значительную часть лиссабонского гарнизона и принудил кортесы разойтись. Конституция была отменена, королева Карлотта, отправленная было в изгнание, призвана назад, а Мигуель назначен главнокомандующим португальских войск. Король, не разделяя пристрастия Карлотты к абсолютизму, окружил себя лицами, не принадлежавшими к ее партии (например, графы Пальмелла и Субсерра и маркиз Луле). Луле был убит в апартаментах самого короля, а когда и это не побудило короля изменить свою политику, устроена была дворцовая революция. 30 апреля 1824 года принц Мигуель, во главе войска, занял дворец, взял в плен отца и принудил его назначить министрами приверженцев абсолютизма. Английский посол протестовал против государственного переворота; Иоанн бежал на борт английского корабля, и переворот не удался. Мигуель поплатился изгнанием в Вену. Торговые