Оставить литературу и превратиться в сельского хозяина Толстой, разумеется, не мог, а размеренная и счастливая жизнь семьянина в Ясной Поляне содействовала творчеству: с феноменальной быстротой начала создаваться эпопея «Война и мир» (1863—1869). Уход в историческую тему, в события полувековой давности, не был отказом от участия в споре — вся Россия в те годы бурлила на переломе, шла эпоха «великих реформ», горячо спорили либералы и консерваторы, раздались первые выстрелы террористов или, как их называли тогда, анархистов, в царя, — обращение к истории было все же ответом на злободневную полемику, на выпады демократов против дворянского сословия, на призыв к эмансипации женщин, к переустройству общества. Большинство новых идей автор «Войны и мира» встречал скептически. Его идеалом был добрый, патриархальный мир старины, чистота «живой» жизни. Величайший критик и разрушитель выступал пока что как гениальный художник, с наслаждением рисующий красоту и полноту мира, пускай увядшего. В романе «Война и мир» Толстой затронул глубокие историко-философские вопросы, например: о роли народа и личности в движении мировых событий. Противопоставляя Наполеона русскому фельдмаршалу Кутузову, Толстой с полемической запальчивостью стремился доказать превосходство Кутузова, который понимал дух народных масс и угадывал ход истории. Но уже следующий роман «Анна Каренина» (1873—1877) — резко критическое и острое произведение, захватившее огромный круг современных больных проблем. Действие романа происходит в обществе, которое Толстой знал полнее всего: в столичном большом свете. Все тайные пружины, двигающие поступками людей, лицемерие и условности этой среды Толстой безжалостно обнаружил и, может быть, сам того не желая, вынес приговор не Анне, изменившей мужу, а обществу, которое вынудило Анну расстаться с жизнью. Сила Толстого-художника оказалась могущественнее замысла Толстого-моралиста, полагавшего, что не следует никого осуждать, ибо, как сказано в эпиграфе словами евангелиста: «Мне отмщение, и аз воздам». Толстой как бы неотклонимым прожектором освещает все тайные изгибы женской души, психологическая мощь его в этом произведении беспримерна. Роман явился предтечей сложных, ассоциативных романов двадцатого века, построенных на завоеванных литературою позже приемах психоанализа. Во многом роман автобиографичен: в образе помещика Левина, увлеченного хозяйством и преданного семье, Толстой изобразил себя, в прекрасно написанных женских образах — не Анны — можно угадать черты жены писателя. И главное: в «Анне Карениной» Толстой вплотную приблизился к мучительным для него проблемам, обозначившим духовный кризис писателя: разочарование в устоях жизни, которые еще недавно казались незыблемыми. Ломка мировоззрения привела к тому, что первая половина восьмидесятых годов была отдана нравственно-религиозным сочинениям «Исповедь» (1879—1880), «В чем моя вера?» (1882—1884), «Исследование догматического богословия» (1879—1880), «Соединение и перевод четырех евангелий» (1880—1881). Толстой полагал теперь, что объединить людей и дать им счастье могут только идеи любви и всепрощения.
Однако художественный напор не иссякал в Толстом, во второй половине восьмидесятых из-под его пера выходят такие замечательные вещи, как повести «Смерть Ивана Ильича» (1887—1889) и «Крейцерова соната» (1889—1890), пьеса «Власть тьмы» (1886), «Плоды просвещения» (1886—1889) и в начале девяностых годов рассказ «Хозяин и работник». В эти же годы все более грозно сгущались столкновения Толстого с цензурой, с официальной церковью. Повесть «Крейцерова соната» была цензурой запрещена и смогла быть напечатана только по личному распоряжению Александра III, с которым С. А. Толстая добилась свидания. Деятельность Толстого в связи с помощью голодающим, резкие протесты против преследования сектантов (духоборов и молокан), обличительные идеи в статьях и произведениях художественных были направлены против собственной дворянской среды, против государственных установлений, против фальшивой морали власть имущих — все вызывало растущее недовольство правящих кругов и церковников. В 1901 году синод отлучил Толстого от церкви. К этому времени Толстой завоевал громадную славу в стране и в мире, официальные преследования только увеличили его популярность. Ясная Поляна сделалась местом паломничества людей со всех концов России и из-за границы.
Последнее крупное сочинение Толстого, роман «Воскресение» (1889—1899) есть, по существу, изображение неисцелимой боли, какую испытывает совестливый человек — в первую очередь автор — в тисках бюрократического государства, в железном «порядке вещей». Выход, предлагаемый Толстым: новое постижение христианской морали. В последнее десятилетие созданы выдающиеся по художественному совершенству произведения: повести «Хаджи-Мурат» (1896—1904, опубл. в 1912), «Фальшивый купон» (1902—1904, опубл. в 1911), «Отец Сергий» (1880—1898, опубл. в 1912), пьеса «Живой труп» (1900, опубл. в 1911), рассказ «После бала» (1903, опубл. в 1911).