По приказу Игнатьева 15 ноября 1952 года Абакумова из Лефортово перевели в камеру № 77 Бутырской тюрьмы. С этого момента пытки и допросы прекратились, т. к. здоровье Абакумова не позволяло их проводить. Но наручники с него снимались только «для приема пищи». Вот как пишет о дальнейшем К. Столяров: «Надежно изолированный от внешнего мира, лишенный даже имени и фамилии, он и не подозревает, что умер Сталин и что его Министерства государственной безопасности больше нет – вместо него создано объединенное Министерство внутренних дел СССР во главе с Берией, запретившим 13 марта впредь до особого указания допрашивать Абакумова» [8]
.Бумагу для писем Берия, как и его преемники, запретили выдавать Абакумову. Он так и не признал ни одного из обвинений и отказался знакомиться с материалами дела. 3 августа 1953 года его отправили обратно в Лефортово, но уже 26 сентября из-за «общей физической слабости» заключенный № 15 (по-другому его в документах не называли) был переведен во Внутреннюю тюрьму на Лубянке. Там он и находился до суда. За это время арестовали и расстреляли Берию, Кобулова, Гоглидзе, Рюмина и других бывших сослуживцев Абакумова, ставших его палачами.
14 декабря 1954 года в ленинградском Доме офицеров началось «открытое» судебное заседание выездной сессии Военной коллегии Верховного суда СССР в составе: председательствующего – генерал-лейтенанта юстиции Зейдина Е. Л., членов – генерал-майора юстиции Сюльдига В. В. и полковника юстиции Борисоглебского В. В., при секретарях – капитанах юстиции Афанасьеве М. В., Горбунове Л. М. и Полякове Н. М.; с участием государственного обвинителя – Генерального прокурора СССР, действительного государственного советника юстиции Руденко В. В. и защиты – членов Московской городской коллегии адвокатов Гринева Л. И., Степанова М. В., Рогова М. И. и Павлова Л. В.
По делу проходили Абакумов, Леонов, Лихачев, Комаров, Чернов и Броверман. Шварцман на этом процессе выступал в качестве свидетеля (его дело было выделено в отдельное производство).
Когда суд предоставил слово Абакумову, отказавшемуся от адвоката, он заявил: «Виновным себя не признаю. Это дело провокационное, оно сфабриковано Берией, Кобуловым, Рюминым… Я заявляю, что настоящее дело против меня сфабриковано. Я заключен под стражу в результате происков Берии и ложного доноса Рюмина. Все недостатки в органах ЧК, скопившиеся за длительный период, вменяются мне как преступления… я ничего не делал сам. В ЦК давались указания, а я их выполнял. Государственный обвинитель ругает меня, с одной стороны, за допущенные перегибы, а с другой – за промахи, смазывания. Где же тут логика? Дело «СДР» расследовано правильно. Мне же в течение трех с половиной лет и пытались доказать, что я «смазал» террористические намерения у 15–16-летних юношей и девушек… Недостатки у меня были, я их не скрывал. Утверждать, что я использовал такой орган, как Особое совещание, для расправы, – значит забывать о том, что я никогда не председательствовал в Особом совещании… Я считаю, что суд должен справедливо разобраться в моем деле».
Выездная сессия Военной коллегии Верховного суда СССР так сформулировала обвинения: «Подсудимый Абакумов, будучи выдвинутый Берией на пост министра Госбезопасности СССР, являлся прямым соучастником преступной заговорщицкой группы, выполнял вражеские задания Берии. Совершая такие тяжкие преступления, как и Берия, Абакумов стал на путь авантюр и политических провокаций. Абакумов фабриковал дела на отдельных работников партийного, советского аппарата и представителей советской интеллигенции, затем арестовывал этих лиц и, применяя запрещенные советским законам преступные методы следствия, вместе со своими сообщниками Леоновым, Комаровым, Лихачевым, добивался от арестованных вымышленных показаний с признанием вины в тяжелых государственных преступлениях».
Было совершенно ясно, в том числе и судьям, что уж к «группе Берии» Абакумов не причастен. Наоборот, Берия посодействовал аресту Абакумова. В любом случае дело Абакумова должно было объективно расследоваться дальше. Но к тому времени уже сложилась «добрая» традиция расстреливать бывших руководителей госбезопасности.
Живой Абакумов был не нужен никому из высшего руководства. Ни Первому секретарю ЦК КПСС Никите Сергеевичу Хрущеву, ни председателю Совета Министров Георгию Максимилиановичу Маленкову.
19 декабря 1954 года суд приговорил В. С. Абакумова, А.Г. Леонова, В. И. Комарова и М. Т. Лихачева к высшей мере наказания – расстрелу с конфискацией лично принадлежавшего им имущества. Я. М. Броверман был приговорен к 25 годам, а И. А. Чернов – к 15 годам лишения свободы с последующим поражением в правах на 5 лет каждого с конфискацией лично принадлежащего им имущества.