В марте 1979 года последовала просьба афганского руководства о прямом советском военном вмешательстве
(всего таких просьб было около 20). Но комиссия ЦК КПСС по Афганистану, созданная ещё в 1978 году, доложила Политбюро ЦК КПСС об очевидности негативных последствий прямого советского вмешательства, и просьба была отклонена.19 марта 1979 года на заседании Политбюро ЦК КПСС Леонид Брежнев сказал: «Мне думается, что нам сейчас не пристало втягиваться в эту войну. Надо объяснить афганским товарищам, что мы можем помочь им всем, что необходимо. Участие наших войск в Афганистане может нанести вред не только нам, но и прежде всего им».
Однако гератский мятеж заставил провести усиление советских войск у советско-афганской границы.
По приказу министра обороны Д. Ф. Устинова началась подготовка к возможному десантированию в Афганистан посадочным способом 103-й гвардейской воздушно-десантной дивизии. Было резко увеличено число советских советников (в том числе военных) в Афганистане: с 409 человек в январе до 4500 к концу июня 1979 года. Согласно мемуарам бывшего директора ЦРУ Роберта Гейтса, 3 июля 1979 года американский президент Джимми Картер подписал секретный президентский указ, санкционирующий финансирование антиправительственных сил в Афганистане. В своём интервью 1998 года французскому журналуСогласно официальной версии истории, помощь ЦРУ моджахедам началась в течение 1980 года, то есть после того как советская армия вторглась в Афганистан 24 декабря 1979 года. Но реальность, державшаяся в секрете до сегодняшнего дня, является иной: на самом деле президент Картер подписал первую директиву о тайной помощи противникам просоветского режима в Кабуле 3 июля 1979 года. И в тот же день написана докладная записка для президента, в которой указывалось, что мнению эта помощь повлечет за собой советское военное вмешательство.
Под наблюдением ЦРУ поставляли оружие для антиправительственных вооруженных формирований. На территории Пакистана в лагерях афганских беженцев, были развернуты центры специальной подготовки вооруженных группировок. Главным образом, программа основывалась на использовании пакистанской разведки (ISI) в качестве посредника для распределения финансирования, снабжения оружием и обучения афганских сил сопротивления.
Дальнейшее развитие ситуации в Афганистане — вооружённые выступления исламской оппозиции, мятежи в армии, внутрипартийная борьба, и особенно события сентября 1979 года, когда лидер НДПА Hyp Мохаммад Тараки был арестован и затем убит по приказу отстранившего его от власти Хафизуллы Амина, вызвали серьёзное беспокойство у советского руководства. Оно настороженно следило за деятельностью Амина во главе Афганистана, зная его амбиции и жестокость в борьбе за достижение личных целей. При Амине в стране развернулся террор не только против исламистов, но и против членов НДПА,
бывших сторонниками Тараки. Репрессии коснулись и армии, главной опоры НДПА, что привело к падению её и без того низкого морального боевого духа, вызвало массовое дезертирство и мятежи. Советское руководство боялось, что дальнейшее обострение ситуации в Афганистане приведёт к падению режима НДПА и приходу к власти враждебных СССР сил. Более того, по линии КГБ поступала информация о связях Амина в 1960-е годы с ЦРУ и о тайных контактах его эмиссаров с американскими официальными представителями после убийства Тараки.В итоге было решено готовить свержение Амина и замену его более лояльным СССР лидером.
В качестве такового рассматривался Бабрак Кармаль, чью кандидатуру поддерживал председатель КГБ Ю. В. Андропов.