Один из этих масонов был, кажется, членом папской полиции, и 27-го декабря 1789 года Калиостро был арестован в своей квартире и отведен в замок св. Ангела. В опечатанных бумагах его нашли обширную переписку и множество масонских рукописей. Римская инквизиция определяла смертную казнь за принадлежность к масонству; вина Калиостро была очевидна, но этого было довольно для осуждения его Римом, а не остальным светом. Поэтому римские судьи нашли его виновным в оскорблении религии своим мистическим учением, основанным на чувственном скептицизме и чрезмерном пиэтизме. Его обвинили также в попытке ниспровергнуть основы истинной религии, но в этом он не был нисколько виноват, как и в ниспровержении монархической власти: политика была совершенно чуждою авантюристу, заботившемуся только о наживе
".Считается, что папа Пий VI сам инициировал сбор улик на Калиостро и распорядился подослать к нему осведомителя, который написал донос, послуживший основанием для ареста; есть предположения, что другой тайный донос, обвиняющий графа как колдуна и чернокнижника, написала его супруга Лоренца, желая тем самым получить разрешение церкви расторгнуть венчанный брак с осужденным преступником. М. Кузмин не верит в предательство Лоренцы и винит во всем коварного секретаря магистра: "
Римская курия…
27 декабря арестовала графа и графиню Калиостро как еретиков, колдунов, масонов и безбожников.В доносе, на основании которого был произведен этот арест, было так охотно описано все странное, убранство графского помещения и так любовно поставлена каждая мелочь в вину, что сделать это мог только человек, устроивший это убранство, т. е. Франческо ди С. Маурицио, который как раз куда-то исчез.
Так как масоны думали, что арест графа повлияет на их судьбу, то все в ту же ночь бежали: и Вивальди, и Танганелли, и художник Любель; маркиза Вивальди, та даже переоделась венгерским гусаром для бегства. Никто не разделил участи с Калиостро, кроме несчастного приятеля и спутника его на всю жизнь, бедной Лоренцы
".