В письмах к Якобу Саразену Калиостро расхваливал местный климат и дружелюбие жителей Бордо и сообщал, что у него появились новые знатные друзья, среди которых маршал де Муши, граф де Феме, герцог де Грийон, виконт де Амель и Рей де Моранд (родственник виднейшего лионского масона Виллермоза), ставший его добровольным секретарем. Они стали членами новообразованной ложи Египетского масонства, которую основал граф. Местные врачи, о невежественности которых секретарь магистра писал его базельскому корреспонденту, не потерпели конкуренции "шарлатана" и развернули против него кампанию. Кроме того, в этом городе Калиостро перенес тяжелую болезнь. Злые языки утверждали, что причиной недуга стали амурные похождения графа, который увлекся одной дамой, но был застигнут ее ревнивым мужем, муж в гневе вышвырнул мага в окно, и тот вследствие неудачного падения заболел. В. Зотов описал злоключения Калиостро в Бордо, где он
Если Бордо был крупнейшим, вторым после Парижа центром масонства во Франции, то Лион имел славу столицы европейского эзотеризма. В этом городе количество масонских лож на одного жителя или квадратный километр площади просто зашкаливало.
Первым упоминанием франкмасонства во Франции считается полицейский рапорт от 16 февраля 1737 года, относящийся к "ordre de Frimacons". Во Францию масонство пришло из Англии, и его появление в Париже связывалось с приездом смещенного с трона короля Англии Якова II. Однако вскоре в Лионе возникло течение противоположного направления. В этом городе парижское масонство, которое, благодаря поддержке католиков, стало деистским, а некоторые его течения и вовсе атеистическими, рассматривалось как поверхностное, многословное и политическое. Лионские франкмасоны занимались духовными материями.
Вдохновителем их был некто Мартинес Паскуалис, считавшийся испанцем или португальцем по происхождению, однако родившийся в Гренобле, вероятно, в 1727 году. Он стал известен в ложах как учитель, провозглашающий водительство "Неведомых Высших" — термин, напоминающий "Невидимую Коллегию", о своей принадлежности к которой веком ранее заявляли розенкрейцеры в своих манифестах. Он привлек к себе Луи-Клода де Сен-Мартена, молодого офицера, и Жана-Батиста Виллермоза, торговца шелком из Лиона, города, в котором эти мистики основали свою ложу — общину "ElusCohens". Не выходя полностью за пределы обычного масонства, они учили, что вначале был только Бог, а от него произошли духи. Некоторые из них вошли в материальные тела, так произошло, в свою очередь, и с человеком; человек должен был с помощью аскетической дисциплины и молитв воссоединиться с духом или Богом. Они считали, что все великие мировые религии содержали некоторые общие элементы божественной истины (тем самым предвосхищая современную теософию и суфизм) и что в официальном догматическом христианстве ключи были утеряны, поэтому для того, чтобы заполнить пробелы и верно интерпретировать христианское Писание, нужно было обращаться к другим традициям. Был разработан и принят некий ритуал, в конце которого кандидат, очистив свою моральную природу, после медитаций и молитв должен был пройти через Великое Делание.
Жан-Батист Виллермоз родился 10 июля 1730 года в Лионе. Он был старшим из 12 детей, а одним из его младших братьев был Пьер-Жак Виллермоз, физик и химик, который работал над Энциклопедией Дидро и Д’Аламбера.