Жемчужные устрицы выделяют предпочтительно кальцит, а жемчужные мидии — арагонит. Еще дальше от края (по внешней поверхности) располагается зона, клетки которой выделяют карбонат кальция в виде мелких чешуек, слагающих вещество, известное под названием перламутра. Таким образом, раковина состоит из трех слоев, процесс образования которых происходит непрерывно и одновременно с ростом животного. По мере роста мантии образуется слой конхиолина достаточной толщины; вторая зона клеток откладывает на внутренней поверхности конхиолинового слоя слой призматического карбоната кальция, и, наконец, третья зона клеток мантии выстилает его изнутри перламутром.
Любой двустворчатый или одностворчатый моллюск, обладающий раковиной с перламутровым слоем, способен породить жемчужину, однако в съедобных моллюсках даже мельчайшие жемчужины встречаются очень редко. В полной мере этой способностью обладают лишь две группы моллюсков: жемчужные устрицы Pinctada и жемчужные мидии; только они позволяют вести экономически выгодную систематическую добычу жемчуга. С древнейших времен жемчуг добывали в Персидском заливе близ берегов Аравийского полуострова и в заливе Манаар у северо-западного побережья Цейлона. Эти знаменитые районы добычи жемчуга сохраняют свое значение и поныне; значительная доля поступающего на рынок жемчуга добыта в Персидском заливе.
В древности много жемчуга добывалось в Красном море, но в настоящее время он здесь встречается редко. В наши дни важным районом добычи жемчуга, и в особенности перламутра, является северное и северо-западное побережья Австралии. Жемчуг добывается также на островах Мергуи у берегов Южной Бирмы; в море Суду; на острове Таити и других островах Тихо го океана; близ берегов Новой Гвинеи и Калимантана; в Мексиканском заливе; у побережья Венесуэлы, где жемчуг находил еще Колумб; г. Калифорнийском заливе и у западного побережья Южной Америки. Жемчуг найден также у берегов Японии, но добыча естественного жемчуга здесь уступила место искусственному выращиванию жемчужин. Римляне собирали речной жемчуг в Англии; полагают, что одна из этих жемчужин, происходящих с реки Конуэй, входит в число регалий Британской короны. В прежние времена в Европе высоко ценился жемчуг из ирландских горных речек. В настоящее время речной жемчуг систематически добывается лишь в реках Баварии и Северной Америки.
Образование жемчуга моллюсками — ненормальный процесс. Если моллюск здоров или не подвергался нападениям врагов, он не породит жемчужины, и на наличие жемчужины в раковине часто указывает ее искаженная форма. Это своеобразный поисковый признак, которым пользуются искатели жемчуга. Приблизительно лишь одна из сорока устриц содержит жемчужины, как правило, одну или максимум три, хотя говорят, что в Индии однажды было найдено восемьдесят семь, а на Цейлоне — шестьдесят семь жемчужин в одной раковине. Чем больше в раковине жемчужин, тем они мельче; крупные жемчужины всегда встречаются поодиночке. Процесс образования жемчужины сходен с процессом образования раковины. Она растет благодаря отложению слоя за слоем выделяемых клетками эпителия. В настоящих драгоценных жемчужинах эти слои образованы перламутром; призматический слой раковины редко участвует в образовании жемчужины, за исключением раковин некоторых пресноводных моллюсков. Иногда восточные жемчужины имеют небольшое ядро, темная окраска которого обусловлена избытком органического вещества. Раньше полагали, что причиной, вызывающей рост жемчужины является твердый материал, например песчинка или живой организм, такой, как червь-паразит, попадающий внутрь раковины, так что лишенное конечностей животное при отсутствии других способов защиты может обезвредить инородное тело, только «запечатав» его.
Из-за своей мягкости жемчужины требуют осторожного обращения. Более того, жемчуг подвержен воздействию кислот и даже естественных выделений человеческой кожи. Не следует мыть руки, не сняв предварительно кольцо с жемчужиной, так как жемчуг может загрязниться, и в этом случае почти невозможно восстановить его первоначальный вид. Следует отметить, что кислоты растворяют карбонат кальция, но не конхиолин. Часто повторяемый рассказ, который Плиний изложил с таким пылом, о том, что Клеопатра, принимая Антония, выпила уксус, в котором были растворены две крупные жемчужины, не может соответствовать истине, так как уксус является слишком слабой кислотой и карбонат кальция, предохраняемый конхиолином, не может быстро раствориться в нем. Возможно, Клеопатра проглотила жемчужины целиком, как пилюли, полагая, что они должны были раствориться.