Названные выше растения быстро вырастали и скоро завершали свой жизненный путь. Трупы их падали и тут же погружались в топкую почву; на них падали трупы следующих поколений. Так продолжалось тысячи и миллионы лет. Отжившие деревья под водой не сгнивали, как на наших глазах сгнивают в воздухе умершие растения, а тлели без доступа воздуха и медленно обугливались. Накопляясь все больше и больше, увеличиваясь в своей массе, эти слои уплотнялись под давлением сверху лежащих масс и к нашему времени постепенно превратились в то, что мы называем каменным углем. На отдельных кусках этого минерала нередко можно видеть явственные отпечатки листьев и веток тех растений, которые дали происхождение пластам каменного угля. По этим отпечаткам мы и судим о флоре того времени.
Образование пластов каменного угля в России относится к началу каменноугольного периода. К концу периода картина меняется.
В то время земная кора была еще не так толста, а подземные силы проявляли свою деятельность в значительно большем масштабе, чем в наш век. Вследствие этого в одних местах обширные площади морского дна выдвигались из воды и становились сушей, в других — наоборот: суша погружалась в воду и становилась дном моря. Такому оседанию подверглась большая часть Русской равнины, и судьбу ее разделила Калужская губерния, — в конце каменноугольного периода над ней волновалось глубокое море. В том море жили разнообразные беспозвоночные, начиная с микроскопических корненожек до крупных кораллов и слизняков. В состав их тела входила и известь; из нее образованы скорлупки корненожек, твердая ось кораллов, раковины слизняков. Животные эти умирали, мягкое тело их сгнивало, а твердые части скоплялись на дне. Одни из них остались нетронутыми, другие же, более нежные, раскрошились и даже перетерлись в бесформенную массу и послужили цементом, который связал неразрушенные части. Таково происхождение углекислой извести, которая прикрыла собой слой каменного угля. В массу оседавшей извести, еще недостаточно отвердевшую, попадали трупы умерших рыб и других крупных животных и заволакивались новыми слоями извести. Затем опускались новые мертвецы и тоже погребались в массе извести. Тела их сгнивали, и скелеты, наполняясь или пропитываясь известью, затвердевали и превратились в так назыв. «окаменелости». По этим остаткам и изучают органическое население прошлых геологических эпох. Так шло миллионы лет.
Время текло, подземные силы продолжали свою деятельность, и Русская равнина снова увидала солнечный свет, снова стала сушей, украсилась новыми растениями и заселилась новыми животными. Понятно, что новые обитатели были только изменившимися потомками прежней флоры и фауны.
О временном пребывании нашей равнины под водой говорит нам слоистость известняков, ибо отложение слоя на слой обыкновенно происходит только в растворе. Известняки же рассказывают нам о том, какие животные жили в том море. А моря каменноугольного периода были населены рыбами, мало похожими на нынешних, морскими ежами, морскими лилиями (это животные — родственники морским ежам), разнообразными кораллами и другими беспозвоночными. На поверхности известковых плит и в кусках известняка часто можно заметить раковины, иглы морских ежей, стебельки морских лилий, твердые части кораллов, а иногда отпечатки рыб. (Остатки кораллов, иногда очень хорошо сохранившиеся, часто называют, конечно, неправильно — окаменелыми грибами, окаменелыми пчелиными сотами).
Вот этими‑то отложениями каменноугольного периода занята большая часть губернии, и только небольшие площади ее заняты другими породами.