В Китае в это же время происходили следующие события. Здесь основной целью монгольских завоеваний была империя Сун, находившаяся на территории Южного Китая. Войну с Сунской империей начал еще Угэдэй. Великий хан Мункэ направил для завоевания юга самого способного своего брата — Хубилая. Хубилай обошел империю Сун с юго-запада, захватил в течение 1252–1253 годов государство Дали, Тибет и в 1253 году — провинцию Нань Чжао (Нань Чяо, современная провинция Юньнань). Один из полководцев армии Хубилая предпринял рейд в Аннам (территория современного Северного Вьетнама) и захватил Ханой. К 1258 году Сунская империя была окружена. Монголы вторглись в южно-китайское государство с нескольких сторон. Внезапная смерть хана Мункэ, последовавшая в 1259 году во время похода, отсрочила завоевание Южного Китая почти на двадцать лет. С империей Сун был заключен временный мир.
В апреле 1260 года к власти пришел пятый великий хан Монголии Хубилай (или Хубла), правивший дольше всех других великих ханов — 34 года. Хубилай прибыл в свою резиденцию в Кайпине, в Юго-Восточной Монголии, где его сторонники собрали курултай. Хубилай перенес столицу Монголии из Каракорума (была основана Угэдэем в 1235 году) в Китай, сначала в Кайпин, а затем в Пекин.
Примерно в это же время в Каракоруме противники Хубилая, игнорируя курултай в Кайпине, избрали правителем Монголии его младшего брата Аригбэгэ (Аригбугэ, Аригбогэ, Арик Богэ). Хубилай мотивировал свое нахождение на троне волей великого Чингисхана. В Монголии существует легенда, согласно которой Чингисхан еще ребенком назвал Хубилая будущим владыкой государства. Наличие в стране двух правителей вызвало в пределах империи смуту, между братьями вспыхнула война за власть. В 1261 году на юге от Каракорума произошли два сражения. Хубилай одержал победу в первом, но второе не дало решительного исхода, и Аригбэгэ с переменным успехом продолжал борьбу до 1264 года, когда он все же был вынужден сложить оружие, и оказался в почетном плену, а в 1267 году умер. Поскольку его другой брат, Хулагу, в это время завоевал Багдад и Дамаск, Хубилай смог возобновить войну с Сунской империей. Но на этом гражданская война не закончилась. Борьба за власть между внуками и правнуками Чингисхана была продолжена в 1268 году сыном Кашина и внуком Угэдэя, Кайду. Кайду, также как и Хубилай, был обозначен персонально Чингисханом в качестве наследника на монгольский престол. Кайду вел борьбу с Хубилаем десятки лет, постоянно выискивая себе сторонников на севере Монголии и в Маньчжурии, несколько раз захватывая Каракорум. Однако справиться с Хубилаем Кайду не мог. Полководцы великого хана относительно легко разделывались с мятежниками.
С перемещением столицы в Китай власть в отдельных частях Монгольской империи начинает фактически переходить в руки региональных монгольских правителей потомков и родственников Чингисхана. Для слома унитарного правления были две фундаментальные причины. Первая — огромные расстояния, отделяющие столицу с верховным правителем от завоеванных владений. Вторая причина заключалась в проблеме наследования ханской власти. Кандидатов на престол было предостаточно. Каждый из претендентов, правивший в провинции, считал себя достойным управлять всей империей. Поэтому наместники хана на местах игнорировали ханскую волю. Кроме того, страна представляла собой насильственное объединение иноэтнических народов, враждебных монголам и говоривших на многих языках. Держава была лишена внутреннего единства, прежде всего экономического. Отдельные части империи находились на разных уровнях социально-экономического и культурного развития. Многие из завоеванных монголами стран, особенно земледельческие, были более развиты, нежели Монголия. Все это вредило монгольскому единству. Поэтому негласный раздел империи был вполне логичен.