25 апреля 1185 года в южной части Хонсю около приморского населенного пункта Данноура (современный город Симоносэки префектуры Ямагути) встретились два враждебных флота. Произошла крупная морская битва. Моральный и численный перевес в кораблях и боевых лодках был на стороне воинов Минамото. В схватке, как всегда, смелостью и ловкостью отличился Ёсицунэ. В легендах отмечается, что он перепрыгивал с одного корабля на другой. Тайра были полностью разбиты. Все главные фигуры сражения, выступавшие на стороне Тайра, либо погибли в бою, либо совершили самоубийство. В водах Внутреннего японского моря утонул император Антоку которому тогда было восемь лет. Полагают, что вместе с Антоку на морское дно ушли и императорские регалии — священные драгоценности и меч, но позже ларец с драгоценностями удалось найти.
Последующие годы после разгрома клана Тайра приверженцы Минамото потратили на борьбу за окончательный захват власти и вытеснение с политической и экономической арены хэйанской (киотоской) придворной аристократии.
В конце 1180-х — начале 1190-х годов Минамото-но Ёритомо стал полновластным хозяином Японии. Все Тайра были уничтожены. Из клана Минамото ему практически никто не мог составить конкуренции. Единственным человеком, в ком Ёритомо видел опасного соперника, был его младший брат Ёсицунэ. Пока шла война с кланом Тайра, Минамото-но Ёритомо нуждался в верных соратниках и талантливых полководцах. Уже в ходе войны Ёритомо начал опасаться популярности Ёсицунэ. После окончания военных действий в стане победителей началась борьба за власть. Ёсицунэ был видной и популярной фигурой минувшей войны. От таких людей всегда исходит опасность для правителей, так как они знают себе цену, обладают собственным мнением, организаторскими и полководческими способностями, их любят друзья и поддерживают сторонники. Поэтому отношения с Ёсицунэ, гениальным стратегом и героем войны 1эмпэй, в которой почти все победы принадлежали ему, ухудшались из-за личной неприязни до тех пор, пока неблагодарный Ёритомо не заклеймил его как бунтовщика и противника двора. Ёсицунэ вынужден был скрываться сначала в Киото, а затем снова бежать на северо-восток Японии в провинцию Муцу и искать пристанища в клане Осю Фудзивара у Фудзивара-но Хидэхира в городе Хираидзуми.
Старик Хидэхира, как и прежде, любил Ёсицунэ и покровительствовал ему. Страдая от тяжелой болезни, перед смертью, Хидэхира завещал передать управление армией и провинцией Ёсицунэ. Вопреки воле покойного, главой клана себя провозгласил его второй сын Фудзивара-но Ясухира. Затем, в соответствии с приказом императора, рукой которого водил Ёритомо, угрожавший клану нашествием, Ясухира напал на Ёсицунэ и преданных ему воинов около реки Коромо, в одном из поместий Фудзивара (современная префектура Иватэ). Это произошло весной 1189 года. В неравной схватке все самураи Ёсицунэ погибли. Кго верный вассал Бэнкэй исполнил свой долг до конца. С нагината (алебардой) к руках он защищал от врагов дом, в котором находился его господин. Ёсицунэ в это время, убив двадцатидвухлетнюю жену и четырехлетнюю дочь, совершил самоубийство в соответствии с традициями японских воинов путем харакири, вспоров себе живот малым самурайским мечом. И только когда Бэнкэй погиб, пораженный десятками стрел, недруги полководца смогли ворваться в комнату, где они увидели мертвого Ёсицунэ. Голову героя в черной лаковой кадке, наполненной хорошим сакэ, вассалы Ясухира отвезли Ёритомо. Эти события увековечили Ёсицунэ в легендах как одного из самых трагических героев Японии. Ёсицунэ стал постоянным персонажем драм в театрах Но и Кабуки. Самоубийство Ёсицунэ, тем не менее, не спасло род Фудзивара от военного нашествия сил Минамото и введения на территории, принадлежащей Фудзивара, его непосредственного правления. Исполнитель воли Ёритомо Ясухира прожил после самоубийства Ёсицунэ не долго, пав от руки своего же вассала-предателя.
В народе слава Ёсицунэ была велика, и подробности его кончины, а также то, что произошло после нее, противоречивы. В смерть героя, превратившегося в мифологическую личность, многие отказывались верить. В последующее время о нем начали слагать легенды, в которых говорилось о новом побеге и чудесном спасении Ёсицунэ. Согласно одной из них, Ёсицунэ перебрался с Хонсю на остров Эдзо (Хоккайдо), где был принят аборигенным айнским населением и стал править им.
Некоторые айны верили в свое происхождение от Ёсицунэ. В устной айнской фольклорной традиции Ёсицунэ часто отождествляется с божеством Окикуруми — просветителем и учителем коренного населения Японских островов.
По другой легенде, Ёсицунэ был убит на Сахалине сахалинскими айнами. Такие сюжеты возникли, очевидно, в айнской мифологии и поздней японской традиции в период наиболее тесных контактов японцев с айнами. Эти сюжеты могли появиться для обоснования японскими националистами законности колонизации и присутствия японцев на исконных землях аборигенов на севере.