В разработке военных сверхмалых подводных лодок приоритет принадлежит капитану Кисимото Канеджи. Еще в 1932 году он заявил: "Если мы пустим большие торпеды с людьми на борту, и если эти торпеды проникнут глубоко в неприятельские воды и, в свою очередь, пустят небольшие торпеды — шансов промахнуться практически не будет". Уже тогда он видел в карликовых подводных лодках (миджетах) эффективное оружие для борьбы с гегемонией США на море. Кисимото считал, что если установить на четырех кораблях по двенадцать сверхмалых подводных лодок, то победа в любой морской битве будет обеспечена. "В решающем сражении между американским и японским флотами мы сможем выпустить почти сотню торпед. Этим мы сразу сократим силы противника вдвое", — заявлял капитан. Он получил разрешение на реализацию своей идеи от адмирала флота принца Фушими Хирояси, возглавлявшего тогда главный морской штаб. Вместе с группой морских офицеров, состоящей из четырех специалистов, Кисимото разработал чертежи и в 1934 году приступил к постройке двух прототипов лодки на военно-морской верфи Куре. Необходимо было непременно выполнить одно условие морского руководства: лодка не должна была применяться для самоубийственных атак.
С самого начала все работы над миджетами считались строго секретными. Тайная полиция кемпей тщательнейшим образом проверила всех вовлеченных в реализацию проекта. Каждому был выписан пропуск с фотографией, взяты отпечатки пальцев и подписка о неразглашении тайны. Всякие визиты в цех посторонних лиц категорически запретили. Работы проводились в закрытом цехе. На этапе разработки проекта оружие называлось «А-Канемоно» ("Металлическое изделие Тип А"). Через несколько лет, когда лодка появилась на флоте, ее стали называть «Ко-Хиётэки» ("Мишень Тип А"). Вплоть до нападения на Пёрл-Харбор большинство специалистов военно-морского флота было уверено, что сигарообразные корпуса этих подводных лодок — не что иное, как специальные мишени, используемые для огневой подготовки подводников.
В 1934 году были построены два прототипа сверхмалых лодок, а в 1936 году — еще две опытные лодки улучшенной модели. Испытания показали, что в целом они обладали неплохими характеристиками. По скорости в 23 узла, развиваемой под водой в течение 50 минут, им в то время не было равных. Самым крупным недостатком лодок "Тип А" была их ограниченная дальность плавания. Но она не помешала принятию лодок на вооружение и развертыванию их массового производства. Чтобы обеспечить полную секретность, корпуса лодок изготавливали по частям на различных частных заводах, а собирали на небольшом острове рядом с заливом Куре. Доступ на остров был закрыт для всех, кто не знал о новом оружии.
Подводная лодка "Тип А" имела водоизмещение 46 тонн, была вооружена двумя однотрубными торпедными аппаратами. Ее экипаж состоял из командира, управлявшего лодкой, и моториста, обслуживающего электродвигатель мощностью 600 лс.
15 апреля 1941 года 24 молодых морских офицера получили секретное предписание войти в состав «специального» формирования. Они встретились на борту гидроавианосца «Тиёда». Капитан судна Харада Каку объявил им, что японский флот обладает сверхсекретным оружием, которое внесет революцию в морские битвы, их же задача — овладеть им. Все молодые офицеры имели опыт подводного плавания, а лейтенант Иваса Наодзи и сублей-тенант Акиеда Сабуро уже больше года проводили испытания нового оружия.
Тренировки экипажей подводных лодок проводились на небольшом островке Оуразаки, лежащем в 12 милях к югу от Куре. Он получил обозначение "База П". Перед каждым выходом лодок в море на тренировку близлежащая к острову акватория очищалась от всех рыбацких катеров, лодок и других гражданских судов. Во время освоения лодок часто случались аварии и поломки. Гибли экипажи, вместо мишеней поражались катера, которые обеспечивали их доставку… Тем не менее со временем накапливался опыт и росло мастерство подводников.
Засекретили не только сверхмалые подводные лодки, но и корабли, предназначенные для их транспортировки.
Карликовые лодки "Тип А" с надводной дальностью 80 и подводной 20 миль не могли использоваться против вражеских баз. Выход был найден в создании специальных кораблей, способных доставлять их в район боевых действий.
В 1938–1943 годах вступили в строй четыре таких корабля: «Титосэ», "Тиёда", «Мидзухо» и «Ниссан». Это были переоборудованные базы гидросамолетов. Каждый из них мог перевозить 12 сверхмалых подводных лодок. Палуба с уклоном к корме и рельсы давали возможность быстро, всего за 17 минут, спустить на воду все лодки.
Но такие корабли-базы сверхмалых лодок можно было использовать лишь вместе с линейными кораблями, а подводные лодки с них — лишь для атаки кораблей противника в морском бою.