Основным боевым формированием являлся дивизион, состоявший из 40–50 катеров. В начале сентября 1944 года пять дивизионов катеров «Синьё» были направлены для защиты островов архипелага Бонин, семь — на Филиппины.
В истории боевого применения японских взрывающихся катеров Филиппины занимают особое место. Именно здесь они получили боевое крещение. Развертывание армейских и флотских дивизионов взрывающихся катеров на островах архипелага продолжалось до октября 1944 года. Катера «Синьё» в количестве 300 единиц были дислоцированы на острове Коррехидор, занимающем важное географическое положение у входа в Манильский залив. Японская армия, в свою очередь, направила на Филиппины около 800 катеров "Мару-ни".
Они были размещены в заливе Лингаен и в южной части самого крупного острова Лусон. «Мару-ни» были сведены в "передовые десантно-диверсионные отряды" [32]
, в каждом из которых насчитывалось по 100 катеров. Всего было сформировано восемь таких отрядов. Техническое обслуживание катеров возлагалось на отдельный батальон штатной численностью 900 человек.Таким образом, на Филиппинах, по замыслу японского командования, должно было разместиться 1100 катеров. Они представляли собой внушительную силу. Японцы возлагали на новое оружие большие надежды, которые, однако, так и не суждено было реализовать. Еще в дороге американцы потопили несколько транспортов с катерами. Особенно серьезными были потери специального оборудования к катерам, значительно усложнившие их использование.
В местах дислокации наибольшую опасность представляли воздушные атаки. Надежно укрытые и замаскированные, катера становились легкой добычей американской авиации во время тренировок японских водителей. Свою лепту вносила непогода: около десятка катеров было потеряно во время тайфуна.
Неудовлетворительное обеспечение, болезни, низкое качество техники, противодействие противника — все это отрицательно сказалось на качестве подготовки водителей. Оно было крайне низким и компенсировалось присущим японцам высоким боевым духом и желанием умереть во имя императора. Но этот боевой дух лишь дезориентировал командование, позволяя ему выдавать желаемое за действительное. На самом деле боевая часть катеров была ненадежной и конструктивно недоработанной. И если с этим и можно было как-то бороться, то улучшить работу ненадежных автомобильных моторов не было никакой возможности. Их частые поломки, склонность к возгораниям, а также спешка, с которой готовились к боевым действиям катера и их экипажи, часто приводили к гибели людей и техники. Так, 23 декабря 1944 года при запуске по тревоге загорелся мотор одного из катеров. Огонь мгновенно охватил стоявшие борт о борт машины. Последовавшие взрывы почти полностью уничтожили дивизион № 9 вместе с экипажами. Таким образом, пренебрежение мерами безопасности, отсутствие квалифицированных механиков и средств тушения огня, нехватка опыта эксплуатации, вождения и боевого применения самым негативным образом сказались на ходе боевых действий с использованием японцами своих взрывающихся катеров.
9 января 1945 года американские войска начали высадку в заливе Лингаен на острове Лусон. Они быстро захватили плацдарм и закрепились на берегу, ожидая на следующий день подхода основных сил.
В пяти милях северо-западнее американского плацдарма располагалась база катеров «Мару-ни» 11-го и 12-го "морских десантно-дивизионных отрядов" общей численностью около 90 единиц.
Под покровом темноты 10 января, в три часа ночи, отряд японских катеров с приглушенными моторами подошел к американской якорной стоянке. На борту многих отправившихся в бой катеров, помимо штатных водителей, находилось по нескольку добровольцев из числа обслуживающего персонала. Вооруженные винтовками, гранатами и бутылками с горючей жидкостью, они горели желанием погибнуть со славой. Следует отметить, что и «Мару-ни», и «Синьё» не имели приспособлений для жесткой установки руля. А это значит, что водители катеров, будучи на боевом курсе, не могли их покинуть. Отказываясь от таких приспособлений, водители руководствовались собственными понятиями храбрости и чести.
Первым было атаковано десантное судно LST-925. Три катера на скорости 20 узлов прошли вдоль бортов корабля, сбросили глубинные бомбы с задержкой в 4 секунды у самых его уязвимых частей (например, в районе винтов) и вернулись на базу.