Для завоевания Верхнего Египта Дезэ понадобилось пять месяцев: сентябрь, октябрь, ноябрь, декабрь, январь. 2 февраля он овладел Асуаном. Он употребил еще пять месяцев на подавление восстаний и закрепление своих завоеваний. Проведенная им кампания делится на шесть периодов. Первый продолжался сто дней; наиболее важным военным событием этого периода было сражение у Седимана, результатом его явилось завоевание провинций Бени-Суэйф и Файюм. Второй занял пятьдесят дней декабря и января; бои у Сауаки и Тахты - единственные военные события этого периода, в течение которого были завоеваны провинции Миния, Асьют и Гирга. Третий продолжался тридцать дней января и февраля 1799 г.; наиболее важным событием этого периода был бой у Самхуда; будучи изгнаны из долины, потеряв все, мамлюки искали убежища в оазисах, в области Барабра - за порогами и в пустынях Фиваиды; трехцветное знамя развевалось теперь над всем Египтом. Четвертый охватывает сорок дней февраля и марта 1799 г.; Мурад-бей, Эльфи-бей, Хасан-бей, Хасан из Ямбо, пользуясь походом армии в Сирию, возвращаются в долину, идут на Каир, намереваясь соединиться там и одним ударом отвоевать Верхний и Нижний Египет; они терпят неудачу в этом предприятии; важными военными событиями являются уничтожение части французской флотилии Верхнего Египта и бой у Коптоса. В пятый период остатки войск шерифов Ямбо опустошают провинции Асьют и Гирга; их преследуют. Шестой охватывает май и июнь; Верхний Египет полностью покорен; Мурад-бей и Эльфи-бей в сопровождении небольших отрядов блуждают в пустынях; бой у Бени-Адина влечет за собой гибель этого красивого поселка; Косейр занимается генералом Бельяром. Сирийская армия возвращается в Каир. Во всем Египте - Верхнем и Нижнем - царит полное спокойствие.
Инструкция, которую Наполеон дал генералу Дезэ в связи с проведением этой кампании, сводилась к следующему: идти на Мурад-бея, разбить его, воспользоваться поражением для того, чтобы преследовать его по пятам и отбросить за пороги и в оазисы; по мере продвижения вперед - укреплять в наиболее важных пунктах мечети, которые станут господствовать над Нилом, предохраняя судоходство. Если, как следует ожидать, после этого триумфального марша возникнут восстания местного характера, он подавит их, и эти бои обеспечат, наконец, действительное подчинение страны. Но сначала надо занять всю долину. Дивизия силою в 1200 сабель, которая в это время пополняла убыль в конском составе, 1500 пехотинцев из третьих батальонов, оставшихся в Каире, и восемь барок, сконструированных для этой экспедиции инженерами военно-морского флота, в скором времени будут готовы поддержать его, послужат для него резервом и источником восполнения убыли в его войсках.