Перед лордами Адмиралтейства стал вопрос - кому командовать тихоокеанской экспедицией. Разумеется, несомненной кандидатурой был Кук, не только лучший из всех, а единственный. Но Адмиралтейство, учитывая огромные достижения Кука и то, что ему дали заслуженную высокооплачиваемую отставку, явно не хотело обращаться к нему снова. И они разработали крайне хитрый и изобретательный, по их мнению, план: поговорить с ним во время изысканного обеда, на котором присутствовали лорд Сандвич - первый лорд Адмиралтейства, Паллисер - глава главного финансового управления флота и Стивенс - секретарь Адмиралтейства. Встретившись с ним, они попросили его совета на тот счет, кто должен командовать тихоокеанской экспедицией. Было бы излишним добавлять, что, когда Кук встал из-за стола, он уже был командиром экспедиции.
Первым помощником Кука стал Джон Гор, который плавал с ним на "Индеворе" и с Уоллисом на "Долфине"; вторым помощником был назначен Джеймс Кинг - опытный астроном, а третьим - Джон Уильямсон. Штурманом стал человек, который в дальнейшем прославился почти так же, как сам Кук, - Уильям Блай.
Командиром "Дискавери" назначили капитана Джеймса Кларка, близкого друга Кука и одного из опытнейших моряков своего времени, - он совершил кругосветное путешествие с Байроном и дважды с Куком, так что это плавание было для него четвертым большим путешествием. Оно стало и его последним путешествием. Подобно Куку, он оставил свои кости на тихоокеанских берегах. Его первым помощником был Джеймс Берни, вторым - Джон Рикмен. Среди его матросов был Джордж Ванкувер (также плавал с Куком на "Резольюшен"), которому в дальнейшем суждено было стать известным исследователем. Более двадцати членов экспедиции уже плавали с Куком, некоторые даже дважды. И среди последних был Сэмюэл Гибсон из морской пехоты (теперь уже сержант), которого Кук некогда приказал высечь за дезертирство с корабля и бегство в горы с туземной девушкой во время их первого визита на Таити. Очевидно, Гибсон был человеком, который не держал зла. С ними должен был плыть и Омаи, таитянин, которого Фюрно привез в Англию.
12 июля 1776 года, через без одного дня четыре года после отплытия в предыдущее путешествие, капитан Кук снова отправился в Тихий океан. Ему пришлось отправиться в путь одному, потому что невезучий Кларк, капитан "Дискавери", томился в это время в тюрьме за долги - он был гарантом долгов своего брата Джона Кларка, который отправился в заграничное плавание, не заплатив их. В конце концов его отпустили, и "Дискавери" вышел в море 1 августа - не слишком благоприятное начало для путешествия. Полагают, что во время своего заключения Кларк заразился туберкулезом, который и свел его в могилу.
На пути в Кейптаун "Резольюшен" сделал остановку на Тенерифе, чтобы взять на борт обычные запасы вина и запасы пресной воды. Там он взял и необычный провиант - корм для скота, потому что "Резольюшен" представлял собой настоящий плавучий скотный двор, укомплектованный коровами и свиньями, овцами и козами, - все это было личными подарками короля, которые надо было раздать на различных островах Океании, хотя везти свиней в Океанию - все равно что ехать в Тулу с собственным самоваром.
17 октября корабль прибыл в Кейптаун. Кук тут же заставил ремонтников заново законопатить "Резольюшен", который так ужасно тек, особенно через главную палубу, что не было ни одного члена команды, который ложился бы в сухую койку. Когда 10 ноября прибыл "Дискавери", он оказался в таком же плохом состоянии, как и "Резольюшен", его тоже немедленно отдали в руки монтажников.
Кук выпустил скот на берег пастись, и когда несколько овец были украдены, он заменил их южноафриканскими овцами; явно считая, что его хозяйство не полно, он взял на борт кроликов и не менее четырех лошадей, которых поставил в каюту Оман, что тот воспринял с явным удовольствием. Кук в своем последнем письме лорду Сандвичу, датированном 26 ноября 1776 года, писал: "Принятие на борт нескольких лошадей абсолютно осчастливило Оман, он с восторгом согласился уступить им свою каюту". Продолжая эту тему, Кук писал в один из своих редких веселых моментов: "Чтобы превратить наш "Резольюшен" в настоящий Ноев ковчег, не хватает малости - нескольких представителей женского пола нашего вида". И в том же письме Кук пишет почти эпитафию самому себе: "Я не испытываю недостатка усердия выполнить великую цель этого путешествия". Усердие и свершение - вот краеугольный камень всей жизни Кука.