Бегству армян также способствовали разрушительные вторжения иранских войск.
Одновременно происходило дальнейшее заселение Нагорного Карабаха тюрками.
Кюрекчайский договор был подписан Ибрагим-ханом и генералом Цициановым. Из всеподданнейшего рапорта князя Цицианова от 22 мая 1805 г.:
«Имея счастие всеподданнейше поднесть В.И.В. ключи Шушинской крепости и трактат, заключённый с Ибрагим-ханом Карабагским, о вступлении его со всем его семейством и Карабагским владением в вечное подданство В.И. В., обще с присягою им учененною на верность онаго, в присутствии моем, — приемлю смелость всеподданнейше поздравить В.И.В. с сим новым разширением Российской Империи.
В соответствии с договором хан признавал себя «верноподданным рабом» российского императора и отрекался от персидского подданства; он обещал не вступать в сношения с окрестными владетелями без разрешения главноуправляющего Грузии, принять и содержать в Шушинской крепости русский гарнизон из 500 человек, выплачивать России дань 8 тысяч золотых (24 тыс. рублей) ежегодно и отправить в Тифлис заложниками двух своих старших сыновей Мамед-Хасанагу и Шукур-Уллаха на всегдашнее пребывание.
Со своей стороны император брал на себя обязательство в отношении сохранения целостности владений и преемственности ханской династии в Карабахе. Этот договор с вассальным владетелем, однако, не имел международного характера, так как формально Карабах оставался под суверенитетом Персии вплоть до окончания войны и заключения Гюлистанского мирного договора, которым права на Карабах и были уступлены шахом российскому императору.
Согласно статье III этого договора, Его Шахское Величество, в доказательство искренней приязни Своей к Его Величеству Императору Всероссийскому, сим торжественно признает, как за Себя, так и за Высоких Преемников Персидского Престола, принадлежащими в собственность Российской Империи Ханствы: Карабагское и Ганжинское».
По неясным причинам Ибрагим Халил-хан был убит по приказу подполковника Лисаневича. Из отношения графа И.В. Гудовича к министру военно-сухопутных сил С.К. Вязмитинову от 21 августа 1806 г.:
«По рапортам мною полученным от командующего войсками в Грузии ген.-м. Несветаева открывается, что 17‐го Егерского полку подполк. Лисаневич и бывший с ним майор Джораев, без побудительных причин, с отрядом егерей учинили нападение на Ибрагим-хана Шушинского, который, не имев при себе войска, кроме прислужников 35 чел. мужеска и женска пола и 1 жену с 3 малолетними детьми, находился по сю сторону кр. Шуши близ садов, на горе без всякого укрепления, и сам вышел из палатки на встречу отряда, не сделав ни одного выстрела; но егери начали стрелять и колоти штыками, где Ибрагим-хан убит и все бывшее с ним имение досталось в добычу учинивших нападение».
В тот же день граф Гудович сообщил министру иностранных дело барону А.Я. Будбергу: «Хан Карабагский, как видно из рапорта ген.-м. Небольсина, секретно разведывавшего о всех обстоятельствах сего важного происшествия, убит понапрасну подполк. Лисаневичем, об отдании коего под следствие я с сею же эстафетою всеподданнейше доношу Е.И. В.».
По указу Александра I от 13 сентября 1806 г. ханом Карабаха был назначен Мехдигулу-ага.
Мехти-Кули не простил России убийства отца и всё время своего правления находился в тайных сношениях с Тегераном, а в ноябре 1822 г. и вовсе бежал в Персию, после чего ханство было упразднено, став российской провинцией.
Управление провинцией было возложено на коменданта, назначаемого российскими властями. Вместе с Ширванской, Шекинской и Талышской провинциями Карабахская провинция входила в состав мусульманского округа, возглавляемого военно-окружным начальником мусульманских провинций. Его резиденция находилась в Шуше. В 1840 г. Карабахская провинция была переименована в Шушинский уезд, вошедший в состав Каспийской области.
Второй правитель из династии Каджаров Фахт-Али шах правил страной достаточно долго, с 1794 по 1834 г., но был довольно посредственным политиком. После 1813 г. власть постепенно перешла к его второму сыну Аббас-Мирзе (1789–1833), объявленному наследником престола в обход старшего брата Магомета Али. Дело дошло до того, что британское и русское посольства располагались не в Тегеране при дворе шаха, а в Тебризе при дворе наследника.
Аббас-Мирза и первый министр Аллаяр-Хан были настроены явно антироссийски. Наследник прилагал все усилия к перевооружению персидской армии и обучению ее английским уставам. Однако современники шутили, что европеизация персидской армии происходит только снаружи.
В начале 1825 г., еще при жизни императора Александра I, Персия нарушила Гюлистанский мир, заняв пограничные с Карабахом земли между реками Капанакчай и Чудур.
Главнокомандующий русскими войсками на Кавказе Алексей Петрович Ермолов приказал нескольким ротам окружить небольшое пространство, отделяющее озеро Гочка от окрестных гор. Этот участок земли персияне считали своей территорией.