Эскалация конфликта стала сигналом к восстанию армян в крупных городах Карабаха, прежде всего в Шуше. 23 марта в городе начались столкновения между армянскими ополченцами и гарнизоном, а за день до этого гарнизон Шуши был фактически блокирован. Уличные бои и неразбериха продолжались вплоть до следующего дня, однако известие о провалах аналогичных выступлений армян в других карабахских поселениях позволило азербайджанцам перегруппироваться и дать решительный отпор.
Последующие события стали одной из самых чёрных страниц в истории Карабаха. Обозлённый гарнизон Шуши вместе с местными мусульманами отправился «мстить» своим врагам в армянские районы города. Христианские кварталы были фактически уничтожены. Серго Орджоникидзе, побывавший в Шуше спустя месяц после погромов, описал происходившее: «Я с ужасом вспоминаю и сегодня ту картину, которую мы увидели в Шуше в мае 1920 года. Красивейший армянский город был разрушен, разгромлен до основания, а в колодцах мы увидели трупы женщин и детей».
В литературе существуют разные оценки числа жертв резни в Шуше. Азербайджанские авторы говорят о нескольких сотнях погибших, в то время как армянские пишут о десятках тысяч. Так или иначе после уличных столкновений и погромов город оказался фактически разрушенным. Уцелевшее мирное население, пользуясь густым туманом, смогло сбежать в сельскую местность. На фоне жестоких столкновений новый, уже девятый по счёту, съезд карабахских армян объявляет о присоединении региона к Армении в апреле 1920 года»[69]
.Притязания Азербайджана на Карабах не были признаны и на международном уровне. Пятый комитет Лиги Наций 1 декабря 1920 г. на основе доклада своего третьего подкомитета отверг просьбу Азербайджана о приеме в Лигу Наций, обосновав свое решение отсутствием у Азербайджана установленных государственных границ.
В апреле в Южный Кавказ входит Красная армия, и начинается новый этап карабахского вопроса. После установления 28 апреля 1920 г. советской власти в Азербайджане Красная армия занимает Карабах, объявляя его спорной территорией.
С провозглашением советской власти в Армении правительство Советского Азербайджана выступило 30 ноября с обращением «Всем, всем, всем!», в котором председатель Ревкома Азербайджана Нариман Нариманов и нарком иностранных дел Мирза Гусейнов объявили о прекращении территориальных споров с Арменией и о признании Нагорного Карабаха, Зангезура и Нахиджевана составной частью Советской Армении.
3 июня 1921 г. Кавбюро РКП(б) при участии Наримана Нариманова единогласно приняло решение: «Указать в декларации Армянского правительства о принадлежности Нагорного Карабаха Армении». Согласно этому решению, правительство Советской Армении 12 июня 1921 г. приняло декрет, в котором окончательно оформлялась юридическая принадлежность этих территорий Советской Армении. Текст декрета правительства Армении о воссоединении с ней Нагорного Карабаха был опубликован и в Баку («Бакинский рабочий», 22 июня 1921 г.) и никаких протестов не вызвал.
Декларация Азербайджана от 30 ноября 1920 г. — принципиально важный момент в развитии карабахского вопроса. Состоялось полноценное международное соглашение между двумя советскими республиками в форме добровольно сделанных деклараций их компетентных государственных органов. С международно-правовой точки зрения имела место добровольная цессия — отказ одного государства (в данном случае Азербайджана) от претензий на спорную территорию в пользу другого государства (в данном случае — Армении). Это означало, что спорные территории отныне юридически входили в состав Армянского государства, а сам территориальный спор исчерпан.
Юридический акт отказа Азербайджана от претензий на Нагорный Карабах и другие армянские территории был официально подтвержден правительством РСФСР. «В июне (1921 г.) заключается соглашение (Армении) с Азербайджаном о Нагорном Карабахе, который включается в состав Советской Армении», — отмечалось в годовом отчёте Наркомата иностранных дел РСФСР за 1920–1921 гг. высшему органу власти — XI съезду Советов.
Территориальный состав Армении, включавший и Карабах, был также зафиксирован в ряде официальных и служебных документов Лиги Наций.
Однако азербайджанское руководство при поддержке народного комиссара по делам национальностей Иосифа Сталина вновь поднимает вопрос принадлежности Карабаха в рамках обсуждений по определению внутренних границ республик Закавказья.
4 июля 1921 г. состоялся пленум Кавбюро ЦК РКП(б), который вновь выносит постановление о включении Нагорного Карабаха в состав Советской Армении. Пленум Кавбюро ЦК РКП(б) принимает постановление: «Нагорный Карабах включить в состав ССР Армении, плебисцит провести только в Нагорном Карабахе». Однако по настоянию Наримана Нариманова Кавбюро ЦК РКП(б) соглашается перенести вопрос о Карабахе на окончательное решение в ЦК РКП(б). Тем не менее вопрос о Карабахе на усмотрение ЦК РКП(б) передан не был.