Именно Бэр предлагает измерять в английских дюймах длину черепа, наибольшую его ширину, вышину, горизонтальный объем и теменную выпуклость в срединной плоскости и, кроме того, обозначать относительное положение большого затылочного отверстия и большее или меньшее развитие затылка. Каждый череп должен быть рассматриваем в пяти направлениях, или так называемых нормах: сзади (затылочная норма), сверху (теменная норма), спереди (лобная норма), сбоку и с основания; в лицевой части черепа должно обращать внимание на выдающееся или глубокое положение носовой спинки, ширину и форму носового отверстия, а также на развитие верхней челюсти и скуловой дуги. Эту систему краниологических измерений и наблюдений он изложил в отчете о съезде антропологов в Геттингене в 1861 году, – съезде, который был созван преимущественно стараниями Бэра. Система эта подвергалась многим изменениям, но, во всяком случае, послужила основою новейшим системам Велькера, Эби и других. «За эту заслугу, – говорит Розенберг, – Бэр мог бы быть назван Линнеем краниологии. Слава Линнея основывается на том, что он научил обозначать общепонятно, с помощью двойной номенклатуры и кратких диагнозов, любой вид животных или растений; таким образом он уничтожил путаницу в определении отдельных форм. Бэр устранил подобную же путаницу, введя свою систему, которая также есть род номенклатуры».
Своими обширными краниологическими знаниями Бэр воспользовался, чтобы иллюстрировать роскошной таблицей черепов большое сочинение Паули «Description ethnographique des peuples de la Russie», вышедшее в свет в Петербурге в 1862 году. На этой таблице изображены типичные черепа малоросса, шведа, татарина, калмыка и эскимоса, каждый в трех положениях: спереди, сбоку и сверху.
Краниология, конечно, не могла удовлетворить Бэра в его изучении антропологии: его еще более интересовали другие стороны этой обширной отрасли знания. В конце вышеупомянутого отчета о Геттингенском съезде он пишет: «Могло бы показаться, что естествоиспытатели, собравшиеся в Геттингене, в том числе и нижеподписавшийся, придают слишком большое значение кропотливому изучению черепов. Что касается меня лично, то я могу уверить, что этот взгляд вовсе не основателен. При многих случаях я выражал мнение, что величайшие сокровища, какие наука может извлечь из сравнительной антропологии, лежат в точном и осмотрительном познании социального и психического состояния различных человеческих племен до их соприкосновения с нашею цивилизациею, которая нередко приносит им более вреда, чем пользы… Когда цивилизация уничтожит или вберет в себя эти естественные племена, то, без сомнения, все немногое, что еще удалось найти относительно их социальных условий и внутренней душевной жизни, – все это будет считаться за драгоценнейшие жемчужины науки. Тогда с трудом будут понимать, как в наше время люди науки и правительства потратили громадные суммы на исследование растений и животных в далеких странах, на измерение гор и на магнитные наблюдения – и так мало потрудились над изучением и сохранением для потомства данных о жизни народов». Из этих слов ясно, что любимою отраслью антропологии была для Бэра этнография. Он как нельзя лучше понимал также, что эта отрасль особенно важна для обширной и многоплеменной России, что он и выразил в речи, прочитанной в одном из заседаний Географического общества.