Приехав в Вену, он весь погрузился в практическую медицину, стал читать всевозможные практические руководства и аккуратнейшим образом посещал хирургическую, терапевтическую и офтальмологическую клиники. Однако вскоре ему пришлось разочароваться в своих ожиданиях. Светило тогдашней хирургии, профессор Руст, занимался, например, лишь сложными, редкостными хирургическими случаями, где предстояли трудные и эффектные операции, а обыкновенные хирургические болезни предоставлял лечить своим подчиненным; между тем для Бэра как для молодого медика, жаждущего практических поучений из компетентных уст, было всего нужнее именно изучение обыденных, часто встречающихся на практике случаев. Гильдебранд, знаменитый терапевт, у которого Бэр преимущественно надеялся поучиться, как нарочно, не применял в данный семестр почти никаких лекарственных средств, испытывая способ чисто выжидательного лечения. Кроме того, он всегда был окружен такою тучею врачей и студентов, что чрезвычайно трудно было пробраться к постели больного, у которой он стоял. С другими клиниками дело обстояло в том же роде. Таким образом, Бэр очутился в странном положении: того, зачем он ехал, для чего бросил естественные науки, – практического медицинского обучения, – как раз он и не нашел. Неудивительно, что при таких обстоятельствах достаточно было незначительного толчка, чтобы вновь повернуть его на прежнюю дорогу, к изучению естественных наук, так как судьба явно не благоприятствовала его стремлению сделаться практическим медиком. Такой толчок и был дан приездом в Вену доктора Паррота, сына одного из дерптских профессоров. Этот молодой человек, еще в Дерпте подружившийся с Бэром, принимал участие в экспедиции Энгельгардта для нивелировки Каспийского моря, всходил на Арарат и был большой охотник до путешествий по горам. Ему нетрудно было увлечь с собою Бэра на горные экскурсии в окрестностях Вены.
Очутившись среди вольной природы, лицом к лицу с красотами весны и прелестными альпийскими растениями, Бэр почувствовал, что он едва ли рожден быть медиком: душные госпитали стали ему нестерпимы. Он сделал еще одну попытку посетить клинику Гильдебранда и, найдя там все по-прежнему, бежал из нее на вольный воздух, решив, что, по крайней мере на лето, надо бросить всякую мысль о клиниках, что посещать их в такое время – «грех против Духа Святого».