Карл Великий предпринял в ответ на эти события очередную карательную экспедицию, отличавшуюся особой жестокостью. Так, например, неподалёку от места слияния рек Аллер и Везер за один день было обезглавлено 4500 пленных и заложников. Специально для подкрепления действий франкской администрации был издан закон «Capitulatio de partibus Saxoniae», предусматривавший наказание в виде смертной казни за любое сопротивление франкским властям и христианской церкви. Тем не менее, восстание в Саксонии продолжалось, и Карлу пришлось прилагать на протяжении ещё двух лет немалые усилия, чтобы окончательно его подавить. Фактически это была непрерывная многолетняя военная кампания, в ходе которой франкские армии уже не ограничивались ежегодными походами, а стали постоянно базироваться в Саксонии, оставаясь там на зиму. В 783 г. Карл нанёс саксам поражения при Детмольде и р. Хаазе (близ нынешнего Оснабрюка), пройдя всю Саксонию до Эльбы. В следующем, 784 г. сын Карла Великого — Карл Юный — разбил саксов у р. Липпе. На зиму 784–785 гг. Карл Великий с войском остался в Саксонии, в Эресбурге, рассылая оттуда во все стороны рейдовые и карательные отряды, опустошавшие и разорявшие страну дотла. В результате этой продолжительной борьбы силы восставших постепенно шли на убыль. В июне 785 г. в Падерборне состоялся съезд саксонской знати, на котором многие из бывших участников восстания выразили Карлу свою покорность и согласились принять христианство. Тем временем против оставшихся при оружии повстанцев продолжались боевые действия, проводившиеся в сочетании с христианизаторской миссией Виллегада и сложными переговорами с Видукиндом, базировавшимся на Эльбе. Войска Карла Великого форсировали Везер и продвинулись до местечка Барденгау на Эльбе, всё более осложняя положение повстанцев. Всё это, в конце концов, привело к капитуляции Видукинда. Вняв уговорам франкских послов, осенью 785 г. Видукинд вместе с другими вождями восставших саксов совершил поездку во Франкское государство, где в местечке Аттиньи (в нынешней Шампани) вместе с соратниками принёс присягу верности Карлу и принял христианство. О масштабах торжества, вызванного этим событием, говорит тот факт, что сам папа римский объявил по этому поводу трёхдневный праздник (!) Следует отметить, что добровольно сдавшиеся представители мятежной саксонской знати, как правило, получали свои прежние земли в лен от своего нового сюзерена Карла Великого, тем самым вливаясь в ряды полиэтничной имперской элиты и эксплуатируя своих бывших соплеменников уже на феодальной основе.
Тем не менее, дух сопротивления у саксов оказался на редкость сильным, и спустя всего несколько лет, в 793 г., в Саксонии вспыхнуло новое восстание, по своему накалу не уступавшее предыдущему. Повстанцы вновь осуществляли повсеместное уничтожение франкской администрации, христианского духовенства, собственных «коллаборационистов», а, кроме того, обращались за помощью к фризам, аварам и западным славянам. Последние откликнулись на эти просьбы, содействуя саксам. Размах восстания и перспектива объединения стольких противников вынудили Карла, занятого в то время подготовкой похода против авар, срочно начать новую военную кампанию по усмирению Саксонии. Эту кампанию, длившуюся с 794 по 799 гг., вёл не только сам Карл, но и его сыновья Карл и Людовик. В сентябре 794 г. франкские войска вторглись в Саксонию двумя потоками: первый под руководством Карла Великого устремился в направлении Тюрингии, второй во главе с его сыном Карлом форсировал Рейн близ Кёльна. Основные силы повстанцев, находившиеся между Падерборном и Эресбургом, сдались, фактически попав в окружение.
В сентябре следующего, 795 г., Карл Великий провёл новый успешный поход, на сей раз к низовьям Эльбы. Важным фактором, позволившим ему добиться решающего превосходства над повстанцами, стал военный союз с западнославянским племенным союзом ободритов, населявших правый берег Эльбы вплоть до Северного моря и часто враждовавших с саксами. Ободриты, в отличие от враждебных франкам лютичей и сорбов (лужицких сербов), активно помогали Карлу в борьбе с саксами.