В середине января 1000 г. уже на территории Германии, в монастыре Штаффельзее, состоялась первая встреча Оттона III с многочисленными имперскими князьями, а также с сестрами Софией и Адельгейд, прибывшими туда встречать его. В первой же грамоте, пожалованной на немецкой земле, употреблен весьма необычный титул императора, который будет сохраняться вплоть до его возвращения в Италию: «Оттон III, слуга Иисуса Христа и император август римлян по воле Бога, Спасителя нашего и Избавителя». Эта формула «слуга Иисуса Христа» должна была указывать на исполнение императором христианской миссии, на императорский апостолат. Подобно тому, как Карл Великий удостоился титула «апостол саксов», Оттон III теперь претендовал на роль «апостола славян», намереваясь распространять и укреплять Христову веру среди славянских племен. Многие исследователи в этой формуле видели знак смирения «императора-монаха». Однако следует признать, что это было весьма своеобразное «смирение», ибо что могло быть почетнее для христианского государя, чем приравнять себя к апостолам? Оттон III, обращая в христианство язычников и присоединяя к христианской церкви новые провинции, считал себя, видимо, по примеру Карла Великого, в праве присвоить это «апостольское имя» — смелое, но в известной мере справедливое притязание.
Когда император, окруженный новыми итальянскими советниками, появился в Германии, немцев одинаково неприятно поразили его римский церемониал и аскетическое благочестие, несовместимые с их представлениями о короле: традиция, уходившая корнями в общество древних германцев, не знала столь резкого его обособления от своих подданных, прежде всего, от знати. Хотя официальная встреча, устроенная Оттону III в Регенсбурге, и была, по словам Титмара Мерзебургского, необычайно пышной, однако ликование вскоре сменилось разочарованием и раздражением, когда выяснилось, что император и на сей раз не собирается заниматься проблемами собственно германской политики. Его поход на Восток, в славянские земли, оказался не военной экспедицией, как у других германских королей, а паломничеством на могилу мученика Адальберта в Гнезно.
Около середины февраля 1000 г. Оттон III уже был на границе владений польского герцога Болеслава I Храброго, лично прибывшего встречать его. В сопровождении Болеслава император и его свита направились в Гнезно. К самой могиле чтимого им святого Оттон III не решился приблизиться иначе как босиком. Затем он в полном согласии с папой Сильвестром II учредил самостоятельное, не зависимое более от немецкой церкви Гнезненское архиепископство, во главе которого поставил брата Адальберта — Гауденция, еще в Риме рукоположенного в сан архиепископа. Хотя Польша должна была стать частью той христианской империи, о которой грезил Оттон III, тем не менее он выпустил из рук такой важный инструмент, с помощью которого немцы до сих пор овладевали (и не только в религиозном и культурном, но и в политическом отношении) славянским Востоком, как церковь. Польский герцог Болеслав I Храбрый получил в отношении церквей его государства и миссионерской деятельности те права, которыми прежде обладал только император. Оттон III заключил с ним договор о дружбе, пожаловав ему титул патриция, назвав его «братом и соратником Империи», «другом и союзником римского народа», возложив ему на голову собственную корону и подарив ему точную копию Священного копья, содержащую частицу драгоценной реликвии — гвоздь с креста Иисуса Христа. Это копье и поныне хранится к Краковской соборной сокровищнице. Античные выражения, определявшие новый статус Болеслава, отражали дух возрождения Римской империи. Уже само верховенство над церковью ставило его выше немецких герцогов и приближало к рангу короля. Отныне он, освободившись от даннической зависимости от Германского королевства, подчинялся только императору, а Польша должна была стать составной частью Империи. В Германию Оттон III возвращался в сопровождении Болеслава и 300 польских всадников. Итогом его паломничества в Гнезно явилось возвышение культа Адальберта и заметное ослабление реального влияния немцев на дела в Польше, о чем его не раз упрекали современники и потомки.
В Германии Оттон III направился во вторую столицу Империи — в Ахен, где на Троицу состоялся синод для решения церковных вопросов, в том числе и касающихся учреждения Гнезненского архиепископства, по мнению некоторых, весьма уязвимого в каноническом отношении. Тогда-то Оттон III и велел искать в дворцовой капелле Св. Марии могилу Карла Великого, распорядившись затем вскрыть его гроб, о чем уже говорилось нами. Мы отмечали также, что многие современники осудили этот его поступок как святотатство, однако сам Оттон III, распорядившись вскрыть могилу Карла Великого, не думал, что совершает святотатство. Для него это был акт почитания великого франка, примеру которого он, одержимый идеей возрождения Римской империи, следовал. Диковинный поступок Оттона III, ужаснувший многих, должен был символизировать собою преемственность традиции.