В третьем походе в мае 1937 года на долю второго "карманного линкора" выпала малопочетная роль морского террориста. После воздушной атаки «Дойчланда» 29 мая он получил из Германии приказ бомбардировать Альмерию и уничтожить якобы находившийся там испанский республиканский линкор "Хайме I". Хотя Цилиакс знал, что устаревший линейный корабль в действительности базировался в Картахене (прикрытой весьма солидными береговыми батареями), он предпочел выполнить приказ, выпустив рано утром по беззащитному городу в течение 15 минут 91 снаряд главного калибра, 100 «промежуточных» 150-мм и 48 зенитных 88-мм снарядов.
Этот «подвиг» осудили все державы мира, и в результате Германия и Италия оказались в изоляции. Им пришлось вывести свои боевые суда из состава международных патрульных сил и окончательно покончить с политикой невмешательства. Тем не менее, "Адмирал Шеер" продолжал оставаться в испанских водах в течение всего июня, только 1 июля возвратившись в Вильгельмсхафен. А менее чем через месяц он опять прибыл в Испанию, совершив туда уже четвертый поход и надолго задержавшись в качестве флагманского корабля адмирала Карлса, которого затем сменил фон Фишель. 11 октября корабль вернулся в Вильгельмсхафен для планового ремонта. Командование отметило слишком быструю и большую ротацию личного состава и по завершении работ отправило «Шеера» на Балтийское море для тренировочных походов и упражнений, которые затянулись до февраля 1938 года. Теперь уже полностью боеготовый «броненосец» отправился в свой 6-й поход в Испанию. Поход оказался относительно коротким (чуть менее месяца), но по возвращении практически сразу же состоялся следующий, 7-й, уже последний. 29 июня «Шеер» наконец покинул испанские воды, совершив туда наибольшее число походов среди крупных германских кораблей.
По возвращении его ждали большие маневры флота, плавно перешедшие в индивидуальную программу упражнений и тренировки. О повышенном внимании командования Кригсмарине к боевой подготовке свидетельствует их продолжительность — с начал июля 1938 по февраль 1939 года. В марте под флагом своего первого командира, ставшего теперь командующим отрядом «броненосцев», контр-адмирала Маршаля, «Шеер» возглавил почетный эскорт, сопровождавший Гитлера, с большой помпой прибывшего в Мемель (Клайпеду) для празднования «воссоединения» с Рейхом. В следующем месяце состоялся двухнедельный поход в Атлантику (к побережью Португалии). А затем — вновь учения и ремонты. Все лето 1939 года в его моторных отсеках проводились работы; в частности, была осуществлена полная переборка его дизелей.
В результате в момент начала Второй мировой войны "Адмирал Шеер" являлся единственным "карманным линкором", находившимся в Германии и одним из трех больших боевых кораблей, готовых к действиям (двумя другими были быстроходные линкоры «Шарнхорст» и "Гнейзенау"). Все они находились в распоряжении командования группы «Запад», базируясь на Вильгельмсхафен и составляя ядро сил, предназначенных для парирования возможных действий англичан. Экипаж «Шеера» находился в хорошей форме, поэтому неудивительно, что 2 сентября последовал приказ находиться в получасовой готовности дать 10-узловый ход, что для дизельного судна не составляло больших трудностей. А в 13.25 на следующий день руководство флота официально объявило о начале военных действий против Британии.
Вопреки сложившемуся представления о "странной войне", англичане с самого начала предприняло довольно активные меры против германского флота, который в любых условиях — шаткого мира или вялой войны — оставался важным потенциальным противником, которого следовало уничтожить при первой же возможности. Поэтому британская авиация тут же совершила налет на то, что представлялось в этот момент главными силами ВМФ Германии — на корабли, сосредоточенные в Вильгельмсхафене.
"Шарнхорст" и «Гнейзенау», находившиеся на якорной стоянке в Брюнсбюттеле, подверглись атаке 14 «веллингтонов» 9-й и 149-й эскадрилий Королевских ВВС, тогда как трем эскадрильям «бленхеймов» (107-й, 110-й и 139-й) было приказано бомбардировать корабли, стоявшие непосредственно в Вильгельмсхафене, наиболее крупным из которых и был "Адмирал Шеер".