"Шеер" оставался в Норвегии еще в течение двух с лишним месяцев. Только 6 ноября он вышел из Тронхейма и вместе с тремя эсминцами направился в Германию, прибыв в Свинемюнде 10 ноября. Настало время очередного ремонта. В последние дни 1942 года корабль отправился в док в Вильгельмсхафене, где большая часть экипажа сошла на берег, а командование принял временный командир фрегаттен-капитан Эрнст Грубер. 1 февраля следующего года его сменил капитан цур зее Рихард Роте-Рот, однако сам «Шеер» все еще был далек от боевой готовности. Он не мог даже вести огонь из всех зениток. Между тем 26 февраля на Вильгельмсхафен состоялся налет 60 союзных тяжелых бомбардировщиков. Стоявший в сухом доке «карманник» не удалось прикрыть дымзавесой, и он послужил хорошей целью. Правда, попала только одна бомба, которая к тому же не взорвалась, хотя около десятка других дали перелет и осыпали его осколками, убив 4 членов экипажа.
Руководство верфи и командование решили как можно скорее «вытолкнуть» уже идентифицированную неприятелем цель в море. За две недели удалось кое-как привести корабль в готовность к переходу в более безопасный Свинемюнде.
Однако там условия для проведения работ оказались куда менее удобными: не хватало ни квалифицированного персонала, ни кранов, ни, прежде всего, подходящего сухого дока. Работы затянулись, однако все же их удалось провести. Труднее оказалось парировать другой удар: решимость Гитлера покончить с собственным "большим флотом" после неудачного боя в Баренцевом море в новогоднюю ночь. Для спасения «Шеер» включили в Учебную группу флота, направив на него 500 кадетов, которые заменили часть кадровой команды. Учения перемежались вялыми работами по мелкому ремонту и дооборудованию остаток 1943 и первую половину 1944 года.
Между тем "настоящая война" подступала все ближе ко 2-й боевой (она же Учебная) группе. При рассмотрении действий «Лютцова» описаны события, связанные с попыткой отражения прорыва советских войска через перешеек Сворбе (Сырве) на острове Эзель (Саарема). Здесь же вступил в заключительную фазу своей истории — в качестве "большой канонерки" — и "Адмирал Шеер". 18 ноября 1944 года наше командование начало решительный штурм позиций фашистских войск. 2-я группа в это время находилась в море на маневрах. Первым из крупных кораблей в дело вступил "Принц Ойген", обстреливавший наступавшие части в течение 2 суток. Он выпустил более полутысячи 203-мм снарядов, почти полностью израсходовав находившийся на борту подходящий боезапас. Ему удалось избегнуть сколько-нибудь существенных атак нашей авиации (командование просто не смогло правильно идентифицировать цель и высылало лишь разрозненные группы самолетов), но зато привлек внимание. И максимально сильные удары пришлись на смешивший его 22 ноября «Шеер». В плохих погодных условиях "карманный линкор" вел огонь с большой дистанции и в течение первых суток наиболее активное ударное соединение авиации Балтфлота в этом районе — 9-я штурмовая авиадивизия (ШАД) — произвела лишь несколько самолето-вылетов. До сих пор присутствие столь сильного корабля с крупнокалиберной артиллерией всего в десятке миль от побережья Эзеля оставалось неизвестным. Однако первые же разведчики, взлетевшие утром 23 ноября с аэродрома Кагул, обнаружили его в бухте Лыу. Тем не менее, первые атаки штурмовиков Ил-2 предназначались малым боевым кораблям. Но им, по крайней мере, удалось сфотографировать «карманник» и точно опознать его. Командующий 9-й ШАД полковник Я.З.Слепенков попытался подготовить удар, а в воздухе уже находились дежурные эскадрильи. В полдень «Шеер» атаковали 8 пикировщиков Пе-2, которые, однако, в присутствии истребительного прикрытия над немецкой группировкой не решились атаковать решительным образом, сбросив 32 бомбы с горизонтального полета с высоты 2,5–3 км. Через 5 минут их сменили 3 «бостона» (A-20G) 51-го полка торпедоносцев. Однако на этот раз атака производилась методом топмачтового бомбометания. Несмотря на сильный зенитный огонь и атаки «фокке-вульфов» прикрытия наша тройка вышла на боевой курс и сбросила по 3 бомбы весом 500 и 250 кг. Попаданий не было; немцы активно маневрировали, считая, что их пытаются поразить торпедами. Все 3 самолета сумели избежать гибели от снарядов зениток и истребителей противника, хотя один из них, получивший тяжелые повреждения, разбился при посадке. Но этот день атак советской авиации только начинался.