Противоторпедная переборка так же имела несколько меньшую толщину — 40 мм вместо 45, но изготавливалась из стали «Вотан». Ее недостатком оставалось то, что она заканчивалась у внутренней обшивки двойного дна. Зато верхняя противоосколочная переборка, как уже отмечалось, приобрела такую же толщину. (Помимо соображений защиты, такое решение позволяло улучшить общую прочность корпуса по всей высоте борта.) Изменилось и распределение палубной брони. В центральной зоне, между утолщенными верхними продольными переборками главная броневая палуба была совсем тонкой (20 мм); вне их толщина уменьшилась ненамного и стала равна 40 мм. Следует отметить, что утоньшение компенсировалось улучшением качества материала. Значительно усилилась горизонтальная защита рулей: палуба в корме стала теперь 45-миллиметровой, такую же толщину имел пояс в корме и замыкавший рулевое отделение траверз, т. е. рулевые отделения теперь защищал однородный со всех сторон броневой «ящик».
Более мощной стала и защита барбетов. Теперь она состояла из 10 кольцевых плит-сегментов, изготовленных из 125-мм брони "Вотан харте". Высота каждой плиты достигала 5,6 м, длина дуги — 3,2 м, вес — 17,5 т. Общий вес обоих барбетов составлял 328,4 т — заметная доля от веса прочего бронирования, превысившего аналогичный показатель для «Дойчланда» на 20 % и достигшего 900 т. (В это значение по-прежнему не входит вес брони башен (192 т) и большей части продольных переборок.) Изменилось и местное бронирование: на боковых стенках главной рубки прибавилось по 10 мм крупповской брони, а толщина стенок артиллерийских постов удвоилась. Наконец, горизонтальный участок крыши башен главного калибра достиг толщины 85 мм (вместо 50).
В целом схема бронирования «Шеера» выглядит мощной и более продуманной, чем на головном корабле. Обращает на себя внимание большая площадь защищенного борта в середине корпуса, где неприкрытой осталась лишь одна верхняя палуба. Единственным реальным ослаблением стала центральная полоса броневой палубы, которая, впрочем, дополнительно защищалась 50-мм верхним поясом и 40-мм броневой продольной переборкой.
Но и эта измененная схема не вполне удовлетворяла конструкторов и идеологов флота, поскольку на третьем корабле серии, "Адмирале графе Шпее", она подверглась очередной ревизии. Наиболее существенным стал возврат к более узкому поясу, который теперь возвышался над уровнем броневой палубы менее чем на 1 м, то есть был еще несколько уже, чем на «Дойчланде», не говоря уже о «Шеере». Различия в высоте пояса на "карманных линкорах" отчетливо видны на фотографиях. В уже упоминавшейся книге Брейера перепутаны и миделевые сечения «Шеера» и «Шпее»; последний якобы имеет самый широкий броневой пояс, что неверно. Но если вопрос с высотой поясной брони достаточно прояснен, то значения ее толщины в различных источниках находятся в явном противоречии друг с другом. Большинство монографий и справочников немецких авторов приводят значение 80 мм, а наиболее полная и современная книга Г.Коопа и К.П.Шмольке содержит прямое указание на то, что на последнем «броненосце» вернулись к тому же варианту, что и на «Дойчланде»: 80-мм верхний ряд плит (который к тому же стал уже) и 50-мм нижний ряд на уровне ватерлинии и ниже ее. Напротив, британский историк М.Уитли утверждает, что бортовая броня «Шпее» имела толщину 100 мм по всей высоте и длине пояса, простиравшегося от 30-го до 148-го шпангоута, заканчиваясь поперечными траверзами такой же толщины (в доказательство чего приводится копия чертежа поперечного разреза в районе кормового траверза). По его же сведениям полная схема бронирования корабля не сохранилась. Приведенные М.Уитли данные кажутся гораздо более убедительными, чем сомнительный возврат к весьма странной схеме «Дойчланда», тем более что они имеют серьезную мотивировку. Общий вес брони на "Графе Шпее" заметно увеличился по сравнению с предшественниками, достигнув 3000 т (без элементов, входящих в конструкцию корпуса) — 25 % от стандартного водоизмещения, что соответствует лучшим образцам тяжелых крейсеров последнего поколения — таким, как итальянские «Пола» и французский «Альжери». Рост веса пояса при одновременном уменьшении его ширины логически приводит к выводу о большей толщине. Косвенным подтверждением такой точки зрения служат воспоминания артиллерийского офицера «Шпее» Разенака о бое при Ла-Плате. Он пишет, что снаряд с «Эксетера» пробил 140 мм брони и взорвался на броневой палубе, что как раз соответствует 100-мм поясу и 40-мм верхней переборке. Еще одним изменением в вертикальной защите стало продление 40-мм нижней (противоторпедной) продольной переборки до внешней обшивки двойного дна.