Более серьезные неприятности ожидали Грасиана после издания «Благоразумного». Книга вышла в арагонской Уэске, куда автор отправил рукопись из враждебной ему Валенсии, причем Ластаноса снабдил местное издание похвальным словом, а каноник Мануэль де Салинас (родственник Ластаносы и поэт, тогда еще приятель Грасиана) – акростихом, в котором раскрывается подлинное имя автора, что само по себе было не очень благоразумно (как и двузначное посвящение испанскому наследнику дону Бальтасару Карлосу). Что более важно, моральный трактат изобиловал политическими и довольно резкими пассажами, в частности, откликами все по тому же больному, а для ордена иезуитов во многом щекотливому, каталонскому вопросу – вплоть до прославления замученного Ночеры, даже до язвительных выпадов по адресу двора и самого монарха Филиппа IV. В связи с «Благоразумным» генерал ордена Никель, который уже давно выражал арагонскому своему наместнику неудовольствие за поблажки строптивому монаху-литератору, высказал в адрес автора строгое предупреждение – с угрозой отлучения, буде тот не исправится. – В «Благоразумном» этика Грасиана достигает своей зрелости: преодолевая прекраснодушные иллюзии «Героя», она отмечена налетом разочарования в современности и пронизана характерной для барокко жесткой антиномией «воли» (природы) и «разума» (духа), акцентируя спасительную для личного призвания роль просвещенного «благоразумия», неустанно напряженного внимания и осторожного недоверия – к себе, своим страстям и к окружающему миру. Изданный через год «Карманный Оракул», наиболее популярная в потомстве книга Грасиана, в трехстах афоризмах конкретизирует и иллюстрирует эту благоразумную антиномию. Функция «Оракула» по отношению к «Благоразумному» та же, что, среди ранних произведений, «Политика» к «Герою».
В 40-е годы Грасиан пробует свои силы также вне рамок литературной и преподавательской деятельности. Он тяжело переживает национальные бедствия этих лет: внутри страны (каталонская межусобица, восстание португальцев), в Новом Свете (отпадение Бразилии), в Европе конца Тридцатилетней войны, как и последствия этих бед для населения Испании, голод и чуму. В качестве проповедника мы видим в эти годы Грасиана в испанской армии на каталонском фронте – в осажденных французами Таррагоне (1644), Лериде (1646), где он воодушевляет воинов перед штурмом, закончившимся снятием осады; за свое красноречие падре Бальтасар удостоился у солдат прозвания Отца Победы (через пять лет в посвящении первой части «Критикона» Грасиан не забудет упомянуть о делах под Леридой). В письмах этих лет к друзьям звучит глубокое сострадание к разоряемому населению, отвращение к мародерству и грабежам, чинимым обеими воюющими сторонами.
Последние десять лет (1647 – 1657) литературного творчества Грасиана – после возвращения в родной Арагон, сначала в Уэску, затем в Сарагосу, где ему доверена кафедра Священного Писания, – почти целиком отданы «Критикону», монументальному замыслу философского романа о пути человека в человеческом обществе, итогу жизненного пути самого автора. Первая часть (1651, Сарагоса) – под псевдонимом Гарсиа де Марлонес (анаграмма от Грасиан-и-Моралес) – издана уже на собственные средства и посвящена новому другу, «доблестному кавалеру дону Пабло де Парада», генералу артиллерии и герою освобождения Лериды от осады. Отношения с прежним покровителем Ластаносой к этому времени заметно охладели – из-за нелицеприятного отзыва Грасиана о «Целомудренной Сусанне», слабой поэме упомянутого выше каноника Салинаса. Издание первой части «Критикона», повествующей еще в сравнительно спокойном тоне о «весне детства и лете юности», имело успех у читателей (два переиздания – 1656 и 1658), отчасти из-за «робинзоновского» необычного сюжета, и, хотя вызвало зависть соперников (Салинас писал об «упадке» автора «Героя» и «Политика», ныне домогающегося дешевого успеха у «толпы»), еще не повлекло за собой для автора новых неприятностей.