Перемены, которые делал в управлении Россией Петр, коснулись и войска Донского. Раньше перепиской с войском, посылкой жалованья, жалобами, или, как тогда называли - челобитными - казаков ведал Посольский приказ, то есть на казаков смотрели в Москве как на другое государство. Посольский приказ переписывался с турецким султаном, польским королем, королем свойской земли (шведским), римским императором и другими государями, он был то же, что теперь министерство иностранных дел, он же во времена царей Московских переписывался и с «верхними и нижними юртами Дона, с атаманами и казаками».
В 1716 году войско Донское перешло из Посольского приказа в ведение только что учрежденного Петром Правительствующего Сената.
Государь весьма был озабочен тем, чтобы дать возможность казакам жить на Дону не только охотою, добычею военной и царским жалованьем. Он обратил внимание на богатство Донского края, он первый нашел на Дону каменный уголь и, показывая его приближенным, сказал знаменательные, пророческие слова:
- Сей минерал (камень) если не нам, то нашим потомкам зело полезен будет!
Государь выписал из Франции опытных виноделов с чубуками винных сортов винограда и приказал им насадить близ Цымлянской станицы виноградные сады и научить казаков делать вино.
По всему Дону Петром приказано было казакам разводить фруктовые и виноградные сады и сеять хлеба.
При Петре на Дону начали строить церкви и часовни. Так, в его время построен каменный соборный храм в Черкасске, сгоревший в 1741 году вместе с клейнодами и потом отстроенный вновь. Это, можно сказать, прадед донских церквей. В Казанской станице в 1700 году устроена церковь во имя Архистратига Михаила, деревянная такая же церковь и во имя того же святого - в Добринской станице, в Михайловской станице деревянная Богоявленская церковь, в Верхне-Чирской станице часовня святителя и чудотворца Николая. Во многих станицах были построены и еще церкви и к 1709 году их на Дону уже было 24. С 1709 года по 1718 на Дону было построено еще много церквей, но все деревянные.
В 1718 году войско Донское было присоединено к Воронежской епархии, которой управлял в то время митрополит Пахомий. Казаки ходатайствовали перед Петром, чтобы казачьими церквами ведал непосредственно Святейший Синод. Но царь отказал в этом казакам.
Вместе с постройкой церквей государь запретил казакам жениться без священника.
Но самые главные перемены, совершенно изменившие жизнь и обычаи донских казаков, касались управления войском.
В 1700 году царь приказал для выборов атамана, для обсуждения дел, касающихся всего войска, на войсковой круг в Черкасске собираться не всем атаманам и казакам, не всему великому войску Донскому, а только станичным атаманам и с ними по два старика, выборных от станицы. Учреждено было Правление старшин.
Самовольно собирать казаков в походы был запрещено. В походы стали назначать для службы казаков по очереди. Полки начали оставлять на службе не только во время войны и похода, но иногда и в мирное время. Зимовая станица из одного атамана, одного есаула и 100 казаков остается в Москве постоянно.
В первую очередь, на смену казаков были назначены все гуляки, бездомовные казаки и все булавинцы, помилованные государем. Эти буйные головы служили государю усердно и бились смело и отчаянно. Они участвовали в новой Турецкой войне, начатой Петром в 1711 году, и были на флоте у адмирала Апраксина. Эта Турецкая война была неудачна для Петра. Петр был окружен с 38000 войском 200000 армией султана на реке Пруте и должен был заключить невыгодный мир с турками. По этому миру. Азов возвращался туркам со срытыми укреплениями и крепость Таганрог снималась.
В 1709 году Петр поставил в атаманы Петра Емельяновича Рамазанова бессменно. После его смерти войско избрало атаманом Кумшацкого, а потом, через год, Василия Фролова. Петр, любивший сыновей Фрола Минаева, с которым он одержал первую морскую победу, утвердил выборы войска и повелел Фролову быть атаманом впредь до указа.
С 1723 года войско Донское перешло в ведение военной коллегии и с этого же времени войсковой атаман назначается коллегией и получает название наказного атамана.
В 1725 году великий Преобразователь России Петр умер, простудившись во время спасания тонувших в море солдат. Он умер уже Императором, умер Великим. За его победы над шведами, за удивительное знание военного дела его считают величайшим полководцем всего мира. При заключении мира со шведами ему было поднесено наименование Императора и царская Русь становится Русью Императорской.