В 1991 году в Москве открылся Колледж католической теологии св. Фомы Аквинского – негосударственное образовательное учреждение высшего профессионального образования. Позже данный колледж был преобразован в Институт философии, теологии и истории святого Фомы. Студентов института св. Фомы готовят по специальности «религиоведение». С 2006 года, благодаря полученной лицензии от Министерства Образования и науки РФ, Институт Св. Фомы получил право выдавать своим выпускникам дипломы государственного образца.
В 1993 году в Москве была открыта Высшая духовная католическая семинария «Мария – Царица Апостолов». Архиепископ Тадеуш Кондрусевич писал: «Одна из основных сегодняшних проблем Католической Церкви в России – это катастрофический недостаток российских священников. Именно с целью их подготовки в 1993 г. была основана Высшая духовная семинария "Мария – Царица Апостолов" ‹…› В дореволюционной России было две семинарии – в Санкт-Петербурге и Саратове. В столице Империи была также и Духовная Академия. В семинарию по рекомендациям священников поступают взрослые, воцерковленные и имеющие опыт христианской жизни люди, чувствующие свое призвание и сознательно выбирающие свой путь» [428].
Декрет об основании семинарии был подписан лично архиепископом Тадеушем Кондрусевичем. Первоначально семинария располагалась в Москве, занятия проходили в помещениях реставрируемого католического храма Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии. Позднее учебное заведение было переведено в Санкт-Петербург.
Постепенно власти стали возвращать католикам отобранные у них в 1930-х годах храмы. Так, например, в Москве в середине 90-х годов был передан верующим Собор Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии на Малой Грузинской улице. Правда, прихожанам пришлось серьёзно побороться за возвращение своего храма, т.к. организации, занимавшие храм в советскую эпоху, не хотели уходить с насиженных мест. Но с Божией помощью ситуация благополучно разрешилась в пользу прихожан. Во второй половине 90-х храм был окончательно передан верующим и отреставрирован. Освящение же восстановленного Собора состоялось в 1999 году.
В возрождённых приходах возвращённых прихожанам католических храмов России, помимо проведения непосредственно Святых Месс, прочих богослужений и совершения таинств (крещение, брак и проч.), совершается так же активная работа по евангелизации всех желающих. Ведутся курсы катехизации, регулярно проходят занятия по изучению Священного Писания, проводятся различные молодёжные встречи. Иными словами, ведётся активная приходская жизнь. Так же католическими структурами создаются благотворительные организации [429], деятельность которых направлена на оказание помощи детям-сиротам, пенсионерам, инвалидам и обездоленным гражданам.
К работе в католических приходах и за их пределами широко привлекаются различные монашеские ордена. Например, в Москве при Кафедральном Соборе трудятся монахи и монахини Салезианского ордена, основной специализацией этого которого является работа с детьми. В храме Св. Екатерины Александрийской, что на Невском проспекте в Санкт-Петербурге, трудятся монахи Доминиканского ордена. В обеих столицах опекой над умирающими, умственно отсталыми детьми, а также одинокими стариками – занимаются Сёстры Матери Терезы – представительницы ещё одного монашеского ордена. Распространением Слова Божия занимаются представители общины «Verbum Dei». Наконец, в самих католических общинах, среди прихожан-мирян, начинают появляться молодые, энергичные, активные люди, способные стать впоследствии лидерами общин.
Возрождение Римско-католической Церкви в России не обошлось без деятельного участия архиепископа Архиепархии Божией Матери в Москве в 1991-2007 гг. – о. Тадеуша Кондрусевича. В 1991 году он был назначен архиепископом, апостольским администратором для католиков латинского обряда Европейской части России, а с 1999 г. – для католиков латинского обряда севера Европейской части России. С февраля 1999 года и до сентября 2007 года архиепископ Кондрусевич возглавлял новообразованную Конференцию католических епископов Российской Федерации.
С сентября 2007 года указом Папы Бенедикта XVI о. Тадеуш Кондрусевич переведен на Минско-Могилевскую кафедру (Белоруссия). А его преемником стал о. Павел Пецци. С сентября 2007 г. о. Павел назначен на кафедру Архиепархии Божией Матери в Москве с возведением в достоинство архиепископа-митрополита Российской Церковной митрополии.